| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,721,159 | T→C | R45R (CGT→CGC) | ydhI → | DUF1656 domain‑containing protein YdhI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,721,159 | 0 | T | C | 99.6% | 786.6 / NA | 223 | R45R (CGT→CGC) | ydhI | DUF1656 domain‑containing protein YdhI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (103/118); total (104/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
TGTGAAGTTTATGCTCAATGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAAC > NC_000913/1721024‑1721295 | tgtgAAGTTTATGCTCAATGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGACTCGGCCTTTGGCTTGTAGTACAACGCCTGCTTCGCGGCt > 2:1212353/1‑140 (MQ=255) tttATGCTCAATGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTa < 2:576617/140‑1 (MQ=255) tttATGCTCAATGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTa > 2:2210567/1‑140 (MQ=255) tATGCTCAATGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACg < 1:2268544/140‑1 (MQ=255) tATGCTCAATGCAACAGAATTGACCTTACAACATCTGGTATTCGGTGCTTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACg < 2:681396/140‑1 (MQ=255) gCTCAATGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCg > 1:2466896/1‑140 (MQ=255) aaTGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGa > 1:1833091/1‑140 (MQ=255) aTGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGAc > 1:2235915/1‑140 (MQ=255) aTGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGAc < 1:2137976/140‑1 (MQ=255) aTGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGAc > 1:1764187/1‑140 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cccTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACa < 1:1076207/127‑1 (MQ=255) aCAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTaa < 1:1307606/140‑1 (MQ=255) aCAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTa < 2:1364608/139‑1 (MQ=255) tCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGAtt > 2:2258641/1‑140 (MQ=255) gtgtTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATc > 2:1570344/1‑140 (MQ=255) gtTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCt < 2:481490/122‑1 (MQ=255) gtTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCt > 1:481490/1‑122 (MQ=255) gtTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGc > 1:239188/1‑140 (MQ=255) gtTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGc > 1:2436553/1‑140 (MQ=255) ttCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCt < 1:428002/140‑1 (MQ=255) cGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGt > 2:2226531/1‑140 (MQ=255) ggTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGCCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGtt > 1:828818/1‑140 (MQ=255) ggTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTAACATCTGGCATACCATGTTAAGGGATTTATCGCTGtt > 1:761717/1‑140 (MQ=255) tGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTg > 1:1396356/1‑140 (MQ=255) tGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTg > 2:220337/1‑140 (MQ=255) cgtccgtcTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCg > 2:2342415/1‑140 (MQ=255) tccgtcTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGAt < 2:2446089/140‑1 (MQ=255) cTACTTTCCTCCGTTTTTCAAACCACTCGCGTTTGGAGTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCg < 1:938163/140‑1 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1:1491750/140‑1 (MQ=255) ttGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTaaaa < 1:1235461/140‑1 (MQ=255) ttGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTaaaa < 1:288518/140‑1 (MQ=255) ttGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTaaaa < 1:2225571/140‑1 (MQ=255) aggTCGTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACCCCGTTGACATCTTGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTaaaa < 2:770254/138‑1 (MQ=255) tGTCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAAc > 1:1527577/1‑140 (MQ=255) tCGTACACCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGATGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACaa < 1:1633227/140‑1 (MQ=255) cacCGCCTGCTTCGCGGTTGGAACTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAg < 2:1033952/140‑1 (MQ=255) cacCGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAg < 2:1827084/140‑1 (MQ=255) cGCCTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTAAGTCAATCAAAACAATTAAGTAt > 1:1203319/1‑140 (MQ=255) ccTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTAttt > 1:301690/1‑140 (MQ=255) ccTGCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTAttt > 2:378804/1‑140 (MQ=255) gCTTCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTtctc > 2:1232479/1‑140 (MQ=255) tCGCGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTcaac < 2:1767869/140‑1 (MQ=255) | TGTGAAGTTTATGCTCAATGCAACAGGATTGCCCTTACAAGATCTGGTGTTCGGTGCGTCCGTCTACTTTCCTCCGTTTTTCAAAGCATTCGCGTTTGGATTCGTCATCTGGCTTGTCGTACACCGCCTGCTTCGTGGCTGGATCTACGCCGGTGACATCTGGCATCCCTTGTTAATGGATTTATCGCTGTTTGCGATTTGCGTTTGCCTTGCTCTGGCAATACTGATTGCGTGGTAACTATGTCAATTAAAACAATTAAGTATTTCTCAAC > NC_000913/1721024‑1721295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |