| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,742,242 | T→C | V277A (GTT→GCT) | cfa → | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,742,242 | 0 | T | C | 99.0% | 361.1 / NA | 102 | V277A (GTT→GCT) | cfa | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (54/47); minor base A (0/1); total (54/48) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ATTGTTTCTGTGGGGATGTTCGAGCACGTCGGACCGAAAAATTACGATACCTATTTTGCGGTGGTGGATCGTAATTTGAAACCGGAAGGCATATTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGTTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGAT > NC_000913/1742106‑1742377 | aTTGTTTCTGTGGGGATGTTCGAGCACGTCGGACCGAAAAATTACGATACCTATTTTGCGGTGGTGGATCGTAATTTGAAACCGGAAGGCATATTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGa > 2:1626754/1‑140 (MQ=255) ttGTTTCTGTGGGGATGTTCGAGCACGTCGGACCGAAAAATTACGATACCTATTTTGCGGTGGTGGATCGTAATTTGAAACCGGAAGGCATATTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGAt > 2:1307376/1‑140 (MQ=255) ttGTTTCTGTGGGGATGTTCGAGCACGTCGGACCGAAAAATTACGATACCTATTTTGCGGTGGTGGATCGTAATTTGAAACCGGAAGGCATATTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGAt > 2:1626711/1‑140 (MQ=255) ttGTTTCTGTGGGGATGTTCGAGCACGTCGGACCGAAAAATTACGATACCTATTTTGCGGTGGTGGATCGTAATTTGAAACCGGAAGGCATATTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGAt > 1:1260018/1‑140 (MQ=255) 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2:1179679/1‑140 (MQ=255) aTACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAAc > 2:280857/1‑140 (MQ=255) aTACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAAc > 2:1489229/1‑140 (MQ=255) tACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCTAGCGAACTCCACTTGGTGATGTAAGACTGGCATAACt > 1:811673/1‑140 (MQ=255) tACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACt > 2:526882/1‑140 (MQ=255) tACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACt > 1:1846955/1‑140 (MQ=255) aCTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACtt < 1:1411639/140‑1 (MQ=255) cTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTc > 1:1266849/1‑140 (MQ=255) tATCGGTTCGAAAAATACCGATCTGCATGATGATCCCCGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCg < 1:902509/140‑1 (MQ=255) tATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCg < 2:2424078/140‑1 (MQ=255) aTCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCgg > 1:70735/1‑140 (MQ=255) tCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGt > 2:1395257/1‑140 (MQ=255) cGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATACCTGGATGTATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTg < 2:913479/140‑1 (MQ=255) gTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCt > 2:1744814/1‑140 (MQ=255) gTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCt > 2:243853/1‑140 (MQ=255) gTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCt > 1:2429180/1‑140 (MQ=255) tCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGa > 2:2003741/1‑140 (MQ=255) tCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGa > 1:2342703/1‑140 (MQ=255) tCGAAAAAAACCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACACCACTGTAGGATGGAACACTGACATAACTTCGGTGCTGa > 2:1200025/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaCCGATCTGAATGCTGCTCGCTGGATTAATAGATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTa < 1:1200025/140‑1 (MQ=255) aaaaaaaCCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTa < 2:1846955/140‑1 (MQ=255) aaaCCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGAt < 2:2342703/140‑1 (MQ=255) aaaCCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGAt < 1:526882/140‑1 (MQ=255) aaCCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGAta < 2:2429180/140‑1 (MQ=255) aCCGATCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACTCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGAtac > 2:880506/1‑140 (MQ=255) tCTGAATGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGt > 2:1436755/1‑140 (MQ=255) aaTGCTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGAt > 1:550849/1‑140 (MQ=255) | ATTGTTTCTGTGGGGATGTTCGAGCACGTCGGACCGAAAAATTACGATACCTATTTTGCGGTGGTGGATCGTAATTTGAAACCGGAAGGCATATTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGTTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGAT > NC_000913/1742106‑1742377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |