| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,904,364 | T→C | V157A (GTG→GCG) | manZ → | mannose‑specific PTS enzyme IID component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,904,364 | 0 | T | C | 99.2% | 415.0 / NA | 117 | V157A (GTG→GCG) | manZ | mannose‑specific PTS enzyme IID component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (52/64); minor base A (1/0); total (53/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ATGGGGCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGG > NC_000913/1904228‑1904498 | aTGGGGCCACTGGCTAGTGTAGGCGTCCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGcgcg < 1:1044541/140‑1 (MQ=255) gCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTgg > 1:1922326/1‑140 (MQ=255) ccACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGc < 1:2274363/140‑1 (MQ=255) ccACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCCGTTAGGTCTGCTGCTGTACTTCATCATGTTGAACCTGGCGCGTCTGGc > 2:1185566/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCaa < 2:2389990/140‑1 (MQ=255) aCTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCaa < 1:1915991/140‑1 (MQ=255) tggctggTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCAGTTCTTCATCCGGTATAACCTGGCGCGTCTGGCAAcc > 1:862688/1‑140 (MQ=255) ttgtAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTtac > 1:2075119/2‑140 (MQ=255) aGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACg < 1:1540548/140‑1 (MQ=255) gCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTTTTCTTCATTCTGGTTAGCCTGGCGCGTCTGTCAACCCGTTACTACGgc > 2:796334/1‑140 (MQ=255) gCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc > 2:1987851/1‑140 (MQ=255) gCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc > 1:1976486/1‑140 (MQ=255) gCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc > 1:90488/1‑140 (MQ=255) gCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc > 1:215052/1‑140 (MQ=255) gCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc > 2:1779757/1‑140 (MQ=255) gCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAACGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc < 1:197337/140‑1 (MQ=255) gCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAACGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc > 2:197337/1‑140 (MQ=255) ggACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcg < 2:298826/139‑1 (MQ=255) cGACCCGATCTTCTGGTCAACCTTACGTCCTCTGTATGCGGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcg < 2:1177962/140‑1 (MQ=255) cGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcg < 1:2386906/140‑1 (MQ=255) cGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcg < 1:1779757/140‑1 (MQ=255) cGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcg < 1:1267299/140‑1 (MQ=255) cGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcg < 2:2334650/140‑1 (MQ=255) cGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcg < 1:1936575/140‑1 (MQ=255) gACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgt > 2:1356901/1‑140 (MQ=255) cccGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCaa < 2:1604418/122‑1 (MQ=255) cccGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCaa > 1:1604418/1‑122 (MQ=255) cccGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc > 1:1334962/1‑136 (MQ=255) cccGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc < 2:1334962/136‑1 (MQ=255) cccGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGAGCGCCTTGCAACCCGTTACTACGgcgtag > 1:1093593/1‑140 (MQ=255) ccGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagc > 2:2479621/1‑140 (MQ=255) ccGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACATGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagc > 2:2324612/1‑140 (MQ=255) cGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcg < 1:527461/140‑1 (MQ=255) tctGGGGAACCGTACTTCCGGTATTAGCAACACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGt < 1:952713/140‑1 (MQ=255) tctGGGGAACCGTACGTCCGGTTTTTGCAGCGCGGTGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGt < 2:1128140/140‑1 (MQ=255) tctGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGt < 2:2075119/140‑1 (MQ=255) tctGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGt < 1:256786/140‑1 (MQ=255) gAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAAACTGGCGCGGCTGTCAATCCGTTACTACGGCTTAGCGTATGGTTACTcc > 2:780415/1‑140 (MQ=255) aaCCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACGTGGCGCGTATGGAAACGCGTTACTAGGGCGCAGCGTATGGTTACTCCa > 2:813462/1‑140 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aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCATCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGata < 1:813462/140‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGata < 2:2406373/140‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGata > 2:1708569/1‑140 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGata > 2:1759121/1‑140 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGata < 1:1331746/140‑1 (MQ=255) aCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGata < 1:2153460/140‑1 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tgctgTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATc > 2:94965/1‑140 (MQ=255) tcttcATCCTGTTTACCCTGGCCCGACTGCCAACCCGCTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGc < 1:723365/140‑1 (MQ=255) tcttcATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGc < 1:1759121/140‑1 (MQ=255) tcttcATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGc < 1:2479621/140‑1 (MQ=255) tcATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTg < 1:1939790/140‑1 (MQ=255) cATCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGt < 1:90815/140‑1 (MQ=255) tCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGCAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGttt < 2:1691317/140‑1 (MQ=255) tCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGttt > 1:190042/1‑140 (MQ=255) tCCTGTTTAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGttt > 2:145811/1‑140 (MQ=255) tttAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTCCGGTGTATCGTATGGTAACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCAt < 2:945262/140‑1 (MQ=255) tttAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCAt < 1:1971971/140‑1 (MQ=255) tttAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCAt > 1:23486/1‑140 (MQ=255) tttAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCAt > 1:1883261/1‑140 (MQ=255) tttAACCTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCAt > 1:1719382/1‑140 (MQ=255) ccTGGCGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATggggg < 1:1203744/140‑1 (MQ=255) | ATGGGGCCACTGGCTGGTGTAGGCGACCCGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACGGAAGGGGCGTCTATCCTCGGCCTGTTTGTCATGGGGG > NC_000913/1904228‑1904498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |