| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,073,574 | A→G | N679S (AAC→AGC) | flu → | CP4‑44 prophage; self recognizing antigen 43 (Ag43) autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,073,574 | 0 | A | G | 98.8% | 284.0 / ‑4.9 | 82 | N679S (AAC→AGC) | flu | CP4‑44 prophage; self recognizing antigen 43 (Ag43) autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (34/47); total (34/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
CAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGAC > NC_000913/2073439‑2073710 | cAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAgg > 2:253998/1‑140 (MQ=255) aaCCATCCTGAACCTTGTGAACTCCCGCACCAGTGCGACGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCg < 1:1197595/140‑1 (MQ=255) aaCCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCg < 2:2050830/140‑1 (MQ=255) aaCCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCg < 1:1714936/140‑1 (MQ=255) aaCCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCg < 2:1385889/140‑1 (MQ=255) aCCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCgg < 1:2138837/140‑1 (MQ=255) cATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTg < 1:1237643/140‑1 (MQ=255) cATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTg < 2:2194812/140‑1 (MQ=255) tCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGcc < 1:1576709/140‑1 (MQ=255) aaCCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTaa > 2:70541/1‑140 (MQ=255) aaCCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTaa > 2:1907953/1‑140 (MQ=255) aaCCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTaa > 2:2390350/1‑140 (MQ=255) ccTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAact > 1:1973877/1‑140 (MQ=255) tGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAactac < 1:314638/140‑1 (MQ=255) ggTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAactact > 2:572372/1‑140 (MQ=255) ggTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAactact > 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< 2:306431/140‑1 (MQ=255) ggCAACAGTGCGTCGCGGCTGGAGACCAGCGGTAAGGTTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCg < 1:1094737/140‑1 (MQ=255) cAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCggg < 1:572372/140‑1 (MQ=255) ggCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGc > 1:1259996/1‑140 (MQ=255) gCTGGCGACCAGCGGGAAGGGTTTTCAGGCGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCt < 1:839385/140‑1 (MQ=255) gCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTgcgc < 2:1647163/140‑1 (MQ=255) cGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCa < 1:2100940/140‑1 (MQ=255) aTTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGc > 2:2067747/1‑140 (MQ=255) ttCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCt > 1:1748774/1‑140 (MQ=255) cAGGTGGTGGAAGCCCTTAACGGTGCCACCACGGAGGTAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTa < 1:1178404/140‑1 (MQ=255) cAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTa < 1:2067747/140‑1 (MQ=255) ggtggtGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATc < 1:1907953/140‑1 (MQ=255) gtggtgGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCg < 2:1858048/140‑1 (MQ=255) tggtggAAGCCATTAACGGTGCCAGCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGt > 2:1661751/1‑140 (MQ=255) tggtggAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAAGCGGGACAGGGATGAGAGATGGTATCAGCGCTGTGAAAATACTTATCGt > 2:1178404/1‑140 (MQ=255) tggtggAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGt > 1:1509519/1‑140 (MQ=255) gtggAAGCCATTAACTGTGCCATCAGGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGc < 1:1119452/140‑1 (MQ=255) gtggAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGCTGAAAGCGGGTATCTGAGCAGGGAAAATGCTTATCGTGc > 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(MQ=255) ggTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTa < 1:1661751/140‑1 (MQ=255) ggTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAATGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTa < 1:2277254/140‑1 (MQ=255) tGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAg > 2:1876501/1‑128 (MQ=255) tGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAg < 1:1876501/128‑1 (MQ=255) caccacGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGAGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCt > 1:1842558/1‑140 (MQ=255) caccacGGAGGAAGGGGCCTTTCTCCAGGGGCGCATGCTACAGGCCGGCGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCt < 2:693970/140‑1 (MQ=255) accacGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTc < 2:1748774/140‑1 (MQ=255) accacGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTc < 1:1890255/140‑1 (MQ=255) gaggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTc > 2:1956656/1‑134 (MQ=255) gaggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTc < 1:1956656/134‑1 (MQ=255) gaggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCt > 1:1866226/1‑140 (MQ=255) gaggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCt > 2:2476441/1‑140 (MQ=255) gaggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGAGATGAGAGCTGGTATCTGCACCGTGAAAGTGCTTATGGTGCAGAACTCCCACTGTATGCCTCCATGCt > 2:1052398/1‑140 (MQ=255) ggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCTGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTACCCCTGTATGCCTCCATGCTGa > 2:941946/1‑140 (MQ=255) ggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATg < 2:589863/136‑1 (MQ=255) ggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATg > 1:589863/1‑136 (MQ=255) ggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGa > 1:2213370/1‑140 (MQ=255) ggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGa > 2:1568334/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ggggCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGAcaca < 1:1568334/140‑1 (MQ=255) ggCCTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAgg < 2:2259796/140‑1 (MQ=255) ccTTTGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCa < 1:66455/140‑1 (MQ=255) tttGTCCAGGGGAGCTGGCTGCGGGCCGGTGCCTTTATCTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAAt < 1:943257/140‑1 (MQ=255) ttGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATg > 1:2324954/1‑140 (MQ=255) tGTCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATgg > 1:578194/1‑140 (MQ=255) tCCAGGGGAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGAc < 2:578194/140‑1 (MQ=255) ggAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGAc < 2:1973877/140‑1 (MQ=255) ggAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGAc < 1:2399579/140‑1 (MQ=255) ggAGCAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTAGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGAc < 2:1842558/140‑1 (MQ=255) | CAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGAC > NC_000913/2073439‑2073710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |