| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,139,399 | T→C | Y225H (TAT→CAT) | yghU → | disulfide reductase/organic hydroperoxide reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,139,399 | 0 | T | C | 99.0% | 356.8 / NA | 100 | Y225H (TAT→CAT) | yghU | disulfide reductase/organic hydroperoxide reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (35/64); total (35/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TACCATGGAAGCCAAACGTCTGCTCGACGTGCTGGATAAGCAACTGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATATGGCGATTTGGCCGTGGTTTGGCAACGTGGTGTTAGGTGGTGTGTATGATGCCGCTGAGTTTCTTGATGCGGGCAGTTATAAGCATGTACAACGCTGGGCGAAAGAAGTAGGCGAACGTCCGGCGGTGAAACGTGGGCGTATTGTTAACCGCACCAACGGACCGCTGAATGAGCAGTTGC > NC_000913/3139263‑3139534 | tACCATGGAAGCCAAACGTCTGCTCGACGTGCTGGATAAGCAACTGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATGTGGCGATTTGGCCGGGCTTTGGCAACGTGGAGTTAGGTGGTGTGCatg > 2:1061596/1‑140 (MQ=255) aCCATGGAAGCCAAACGTCTGCTCGACGTGCTGGATAAGCAACTGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATATGGCGATTTGGCCGTGGTTTGGCAACGTGGTGTTAGGTGGTGTGCatga < 1:2107592/140‑1 (MQ=255) aCCATGGAAGCCAAACGTCTGCTCGACGTGCTGGATAAGCAACTGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATATGGCGATTTGGCCGTGGTTTGGCAACGTGGTGTTAGGTGGTGTGCatga < 2:1545361/140‑1 (MQ=255) ccATGGAAGCCAAACGTCTGCTCGACGTGCTGGATAAGCAACTGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATATGGCGATTTGGCCGTGGTTTGGCAACGTGGTGTTAGGTGGTGTGCatgat < 2:1998073/140‑1 (MQ=255) cATGGAAGCCAAACGGCTGCTCTACATGCCGGATAAGGAACTGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATATGGCGATTTGGCCGTGGTTTGGCAACGTGGTGTTAGGTGGTGTGCatgatg < 1:1104748/140‑1 (MQ=255) aTGGAAGCCAAACGTCTGCTCGACGTGCTGGATAAGCAACTGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATATGGCGATTTGGCCGTGGTTTGGCAACGTGGTGTTAGGTGGTGTGCATGATGc > 2:1622349/1‑140 (MQ=255) ggAAGCCAAACGTCTGCTCGACGTGCTGGATAAGCAACTGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATATGGCGATTTGGCCGTGGTTTGGCAACGTGGTGTTAGGTGGTGTGCATGATGCCg > 1:2283988/1‑140 (MQ=255) ggAAGCCAAACGTCTGCTCGACGTGCTGGATAAGCAACTGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATATGGCGATTTGGCCGTGGTTTGGCAACGTGGTGTTAGGTGGTGTGCATGATGCCg < 2:438538/140‑1 (MQ=255) ggAAGCCAAACGTCTGCTCGACGTGCTGGATAAGCAACTGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATATGGCGATTTGGCCGTGGTTTGGCAACGTGGTGTTAGGTGGTGTGCATGATGCCg < 1:1701383/140‑1 (MQ=255) gAAGCCAAACGTCTGATCGACGCGCTGGAAAAGCAACGGGCGCAGCATAAGTTTGTTGCGGGCGATGAGTACACCATTGCGGATATGGCGATTTGGCCGTGGTTTGGCAACGTGGTGTTAGGTGGTGTGCATGATGCCGc < 1:1150583/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |