| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,165,384 | T→C | D197G (GAC→GGC) | parC ← | DNA topoisomerase IV subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,165,384 | 0 | T | C | 99.2% | 422.2 / NA | 119 | D197G (GAC→GGC) | parC | DNA topoisomerase IV subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (58/60); total (58/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CGCGCATACGCACTGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATAATCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAGACGGGCAGGTAGCATTTTCGGCTCCT > NC_000913/3165247‑3165519 | cgcgcATACGCACTGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATAATCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCg > 2:2014113/1‑140 (MQ=255)cgcgcATACGCACTGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATAATCCGGCCCCTGCACGAAATCCAGCAGCTGATCGAGCGTAGTTTTCGGCTGGCCg > 1:835351/1‑140 (MQ=255)cgcgcATACGCACTGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGCATAATCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCg > 1:1765610/1‑140 (MQ=255)cgcgcATACGCACTGAAACACGGCCGTTCTCGTAGGTTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATAATCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCg < 2:907288/140‑1 (MQ=255) cgcATACGCACTGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATAATCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGAt > 2:2449653/1‑140 (MQ=255) aCGCACTGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATAATCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATg < 1:256077/140‑1 (MQ=255) tGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATACTCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTg < 1:1420860/140‑1 (MQ=255) tGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATAATCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTg < 2:1295548/140‑1 (MQ=255) tGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATAATCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTg < 1:1466337/140‑1 (MQ=255) tGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATAATCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTg < 2:529871/140‑1 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atatCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGtt > 1:566251/1‑128 (MQ=255) atatCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGtt > 2:584228/1‑140 (MQ=255) tCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTgg < 2:407777/140‑1 (MQ=255) agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAg > 2:1310924/1‑140 (MQ=255) agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAg > 1:2219386/1‑140 (MQ=255) agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGACAATACCAGTGTTGGCGTTAAGCAAAATGTTTGGcgg > 1:841841/1‑138 (MQ=255) 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cTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAGACggg > 2:1957864/1‑140 (MQ=255) gATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACGGGTGGTGCCGTTAACCAAAATGTTTGGCAGACGGGCa > 1:828528/1‑140 (MQ=255) aTCGAGTGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAGACGGGCAg > 1:1543335/1‑140 (MQ=255) aGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTCAGCGAAATGTTTGTCAGACGGGCAGGTAg > 1:736849/1‑140 (MQ=255) aGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAGACGGGCAGGTAg > 1:2033921/1‑140 (MQ=255) aGCGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAGACGGGCAGGTAg < 1:172219/140‑1 (MQ=255) cGTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAGACGGGCAGGTAGCa < 2:213599/140‑1 (MQ=255) gTGGTTTTCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAGACGGGCAGGTAGCAt > 2:2180685/1‑140 (MQ=255) ttttCGGCTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAGACGGGCAGGTAGCATTTTc < 2:271817/140‑1 (MQ=255) cTGGCCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAGACGGGCAGGTAGCATTTTCGGCTCCt > 2:2040965/1‑140 (MQ=255) | CGCGCATACGCACTGAACCACGTCCGTTCTCGTAGATTTTACGGATCTCGGCGCGCGAAGTGATAATTTCCGCTTCAGTCGGATAATCCGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGCCATGCCGACGGCAATACCGGTGGTGCCGTTAAGCAAAATGTTTGGCAGACGGGCAGGTAGCATTTTCGGCTCCT > NC_000913/3165247‑3165519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |