| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,291,477 | A→G | N46S (AAC→AGC) | yraK → | putative fimbrial adhesin YraK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,291,477 | 0 | A | G | 99.2% | 910.4 / ‑5.4 | 263 | N46S (AAC→AGC) | yraK | putative fimbrial adhesin YraK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (120/140); total (121/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
ATGAAAAGAGCGCCTCTTATAACAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACT > NC_000913/3291341‑3291613 | aTGAAAAGAGCGCCTCTTATAACAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCca < 1:2187872/140‑1 (MQ=255)aTGAAAAGAGCGCCTCTTATAACAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCca < 1:1587605/140‑1 (MQ=255) aaaGAGCGCCTCTTATACCAGGCCTTTTGTTTACATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCcagaca < 2:1110085/140‑1 (MQ=255) ataACAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAgg > 1:386415/1‑140 (MQ=255) aaCAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGAc < 1:331000/140‑1 (MQ=255) aaCAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGAc < 2:1254842/140‑1 (MQ=255) cAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACgg > 1:1502639/1‑140 (MQ=255) gTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCGGAAAGATAACGTGACAGGACGGGAg > 1:981061/1‑140 (MQ=255) gTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGAc > 1:2491679/1‑135 (MQ=255) gTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAg < 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> 2:1717828/1‑140 (MQ=255) atCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCaa > 1:1005343/1‑140 (MQ=255) ccACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGGGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACg < 1:1105113/140‑1 (MQ=255) ccACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACg < 1:451521/140‑1 (MQ=255) ccACATCCTGCGCTTATGCCTCATCCGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTAAGCCAGACAGATAACGTGACAGGGCGGGAGTTTACCTCTGCAACg < 1:880236/140‑1 (MQ=255) caTCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCAGTGTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGc > 1:1920514/1‑140 (MQ=255) caTCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTa > 2:305696/1‑140 (MQ=255) tGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTg > 1:1582063/1‑127 (MQ=255) tGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACg < 2:1503044/132‑1 (MQ=255) gcgcTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAAAGTGGCAGGACGGGAGTGTACCTCTGCAACGCTAAGTAGc > 2:649477/1‑140 (MQ=255) cgcTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGTCAGATAACATGAGAGGTCGGGAGTTCACCTCTGCAACGCTAAGTAGCa > 2:768318/1‑140 (MQ=255) cgcTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACg > 2:2014247/1‑130 (MQ=255) 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gtgtGGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAGGGGAGTTAAGCTTGTCTATATGGTc > 1:644455/1‑140 (MQ=255) tgtgGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGAAGTTAAACTTGTCTATATGGTCa > 1:1244236/1‑140 (MQ=255) tgGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGc > 2:2370423/1‑140 (MQ=255) tgGTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAAT‑CGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGcc > 2:601304/1‑140 (MQ=255) ggTTGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGcc < 1:1398244/140‑1 (MQ=255) ttGATGATGTTACGGTGTGCCACACAGATAACGTGCCAGTACGGGAGTCTACCTCTGC‑ACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCg < 2:687962/140‑1 (MQ=255) ttGATGATGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGcccc < 1:1891100/140‑1 (MQ=255) tgatgaTGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCg < 2:2044096/140‑1 (MQ=255) tgatgaTGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTGACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCg < 2:948787/140‑1 (MQ=255) gatgatGTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGGGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTATATATGGTCAGCCCCGt > 2:846147/1‑140 (MQ=255) atgatgTTACGGTGAGCCAGACGGATAACGTTACAGGACGGGAGTTTATCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTa < 2:900903/140‑1 (MQ=255) atgatgTTACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTa < 1:2439294/140‑1 (MQ=255) tgTTACGATGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTa > 1:2132270/1‑140 (MQ=255) ttACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTacc > 1:1534087/1‑140 (MQ=255) tACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTacca > 1:1619716/1‑140 (MQ=255) tACGGTGAGCCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTacca > 1:2359691/1‑140 (MQ=255) aCGGTGAGCCAGACATATAACGCGATAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTaccac < 1:707380/140‑1 (MQ=255) | ATGAAAAGAGCGCCTCTTATAACAGGTCTTTTGTTGATATCCACATCCTGCGCTTATGCCTCCTCAGGAGGGTGTGGAGCCGACAGCACTAGCGGTGCGACAAATTACAGCA‑‑GTGTGGTTGATGATGTTACGGTGAACCAGACAGATAACGTGACAGGACGGGAGTTTACCTCTGCAACGCTAAGTAGCACTAACTGGCAATACGCCTGTTCCTGCTCTGCGGGTAAGGCAGTTAAACTTGTCTATATGGTCAGCCCCGTACTTACCACCACT > NC_000913/3291341‑3291613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |