| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,337,780 | T→C | T38A (ACG→GCG) | mlaC ← | intermembrane phospholipid transport system ‑ periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,337,780 | 0 | T | C | 99.5% | 763.2 / NA | 215 | T38A (ACG→GCG) | mlaC | intermembrane phospholipid transport system ‑ periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (133/80); total (133/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CTTGTAATACTGGCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAATTATT > NC_000913/3337643‑3337914 | cTGGCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGcgccg > 1:446077/1‑140 (MQ=255) cTGGCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGcgccg > 1:1722659/1‑140 (MQ=255) cTGGCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGcgccg > 2:1935281/1‑140 (MQ=255) cTGGCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGcgccg > 2:2126363/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGTATTTGCGGCTGCTCATCCTTCAGGCAATCGGACGCTTTCTGCgccgcc > 2:861488/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTTCTCATTCTTCAGGCGATCGAATGCTTTCTGCgccgcc > 1:678391/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCgccgcc > 2:426180/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCgccgcc > 1:59862/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCgccgcc > 1:553334/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCgccgcc > 1:2474445/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCgccgcc > 1:501417/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAAGCGATCGAATGCTTTCTGCgccgcc > 1:926452/1‑140 (MQ=255) ggCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCGTCATGCGATCGAATGCTTTCTGCgccgcc > 1:718139/1‑140 (MQ=255) gCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCt < 1:1935281/140‑1 (MQ=255) cccAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGTGCCGCCTc > 2:233303/1‑140 (MQ=255) cccAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTc > 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cACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCa < 1:1491609/140‑1 (MQ=255) cACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCa < 2:1736639/140‑1 (MQ=255) aCCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGATACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCAt > 2:1478310/1‑140 (MQ=255) ccAGCGCACCGGCGTGTTTCACATGTACGTATGGCAGTAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATc < 1:848748/140‑1 (MQ=255) aGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAg > 1:1671994/1‑140 (MQ=255) aGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAg < 2:2451328/140‑1 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ggTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGACGCACTCAGAGGTGAAATCACTAGCAAAGCGACcatc > 1:742573/1‑140 (MQ=255) ttGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGTCGCGGTTGACGCGCTCTGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACcatcat > 2:924537/1‑140 (MQ=255) ttGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACcatcat > 2:1789443/1‑140 (MQ=255) ggCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTa > 1:11879/1‑140 (MQ=255) ggCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTa < 2:1240698/140‑1 (MQ=255) gCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTaa < 2:1722659/140‑1 (MQ=255) gCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTaa < 1:1755393/140‑1 (MQ=255) gCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTaa < 1:2079683/140‑1 (MQ=255) gCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTa < 2:1803355/139‑1 (MQ=255) gCCCGAATTTGCGGTTGCTCATGCTACAGTCGATCGATCGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTaa < 1:809707/140‑1 (MQ=255) aTTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTaa > 1:1230725/1‑134 (MQ=255) cATTCTTCAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCgg < 2:1744299/140‑1 (MQ=255) ttcttcAGGCGATCGAAGGCTTTCTGCGCCGACTCCTCCCTCAGCTTAAACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGtt < 2:837586/140‑1 (MQ=255) ttcttcAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGtt < 2:446077/140‑1 (MQ=255) tcAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCCTCCTTCAGCTTATACGCATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTcc < 2:1016112/140‑1 (MQ=255) cAGGCGATCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCt > 2:2158520/1‑140 (MQ=255) aTCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCGTCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCT‑CTGAAatta > 2:2025191/1‑140 (MQ=255) aTCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCCTCATTAAACGTTTAAAAATGCCTCGGTTCTCCTGAAatt > 2:1078233/1‑140 (MQ=255) aTCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATAATTAAACGTTTGAAAATGCGTGGGTTCTCCTGAAatt > 1:650499/1‑140 (MQ=255) aTCGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGA‑GTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAatta > 2:78111/1‑140 (MQ=255) cGAACGCTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAattat > 1:34014/1‑140 (MQ=255) | CTTGTAATACTGGCCCAGCACCAGCGCACCGGCGTATTTCACCTGTACGTATGGCAGCAGTTCCTGATCAACAATGGTACGCAGATAATCCGGGTTGGCCCGAATTTGCGGTTGCTCATTCTTCAGGCGATCGAACGTTTTCTGCGCCGCCTCGTCCATCAGCTTATACGGATTGGTCTGGTCTGCCGCGGTTGCCGCACTCAGAGGTGCAATCACCAGCAAAGCGACCATCATTAAACGTTTAAACATGCGTCGGTTCTCCTGAAATTATT > NC_000913/3337643‑3337914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |