| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,541,770 | T→C | V455A (GTC→GCC) | feoB → | Fe(2(+)) transporter FeoB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,541,770 | 0 | T | C | 99.5% | 638.1 / NA | 182 | V455A (GTC→GCC) | feoB | Fe(2(+)) transporter FeoB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (75/105); total (75/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GGGTGCACGTACGCTTGATGCACCGCGTGAACGTCTGATGACCATCATGATGGCACCGTTTATGTCCTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATGTACCACACGTTAAAAGCCT > NC_000913/3541633‑3541905 | ggTGCACGTACGCTTGATGCACCGCGTGAACGTCTGATGACCATCATGATGGCACCGTTTATGTCCTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGcctt < 1:2301366/140‑1 (MQ=255) tGCACGTACGCTTGATGCACCGCGTGAACGTCTGATGACCATCATGATGGCACCGTTTATGTCCTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGccttct < 2:1672134/140‑1 (MQ=255) tGCACGTACGCTTGATGCACCGCGTGAACGTCTGATGACCATCATGATGGCACCGTTTATGTCCTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGccttct < 1:1497149/140‑1 (MQ=255) tGCACGTACGCTTGATGCACCGCGTGAACGTCTGATGACCATCATGATGGCACCGTTTATGTCCTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGccttct < 1:75091/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGt < 1:1624275/140‑1 (MQ=255) ccTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTc > 1:471832/1‑140 (MQ=255) ttcttcGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTa < 2:1683801/140‑1 (MQ=255) ttcttcGGGCAGAACGGTGCGCCGGCGGCCGTCCCCCTGAATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTa < 2:1179604/140‑1 (MQ=255) cttcGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATc < 2:90147/140‑1 (MQ=255) aGAACGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGt > 2:1819845/1‑127 (MQ=255) aGAACGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATGTACca < 2:1361997/140‑1 (MQ=255) aaCGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGTCGTTTGTGATGGAGGTGCCGGGCTATCATGTACcaca > 1:706374/1‑140 (MQ=255) aaCGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATGTACcaca < 1:1737085/140‑1 (MQ=255) aaCGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATGTACcaca > 1:1455128/1‑140 (MQ=255) aaCGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATGTACcaca < 2:581639/140‑1 (MQ=255) aaCGGTGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATGTACcaca < 1:610191/140‑1 (MQ=255) tGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATGTACCACACGTTa > 2:2071012/1‑140 (MQ=255) tGCGCTGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGCGTATTGTCATGGCGGTCCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATGTACCACACGTTa < 2:1041986/140‑1 (MQ=255) tGGCGGCCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATGTACCACACGTTAAAAg < 2:1723927/139‑1 (MQ=255) | GGGTGCACGTACGCTTGATGCACCGCGTGAACGTCTGATGACCATCATGATGGCACCGTTTATGTCCTGCGGCGCGCGTCTGGCTATCTTCGCAGTATTCGCGGCTGCCTTCTTCGGGCAGAACGGTGCGCTGGCGGTCTTCTCGCTGTATATGCTGGGTATTGTGATGGCGGTGCTGACTGGCCTGATGCTCAAGTACACCATCATGCGCGGTGAAGCGACGCCGTTTGTCATGGAGTTGCCGGTCTATCATGTACCACACGTTAAAAGCCT > NC_000913/3541633‑3541905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |