| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,739,696 | T→C | intergenic (+169/‑9) | malS → / → avtA | alpha‑amylase/valine‑‑pyruvate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,739,696 | 0 | T | C | 98.9% | 334.4 / NA | 94 | intergenic (+169/‑9) | malS/avtA | alpha‑amylase/valine‑‑pyruvate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (82/11); minor base A (1/0); total (83/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGAAGCCGCCAACCAGGATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGATATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCGGCGCA > NC_000913/3739559‑3739829 | ggAAGCCGCCAACCATGATAAAGTGACAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCATCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGacat < 1:837517/140‑1 (MQ=255) gAAGCCGCCAACCAGGATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATc < 2:112936/140‑1 (MQ=255) gAAGCCGCCAACCAGGATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATc < 2:1634606/140‑1 (MQ=255) aaGCCGCCAACCAGGATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATcc < 2:1822453/140‑1 (MQ=255) aaGCCGCCAACCAGGATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATcc < 2:1770495/140‑1 (MQ=255) aGCCGCCAACCAGGATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATccc > 2:1240222/1‑140 (MQ=255) cgccAACCAGGATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGacat > 2:1580449/1‑134 (MQ=255) aCCAGGATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGAc < 1:1836122/140‑1 (MQ=255) ggATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATcc > 1:411600/1‑127 (MQ=255) ggATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATcc < 2:411600/127‑1 (MQ=255) ggATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGACATtc < 2:396453/140‑1 (MQ=255) ggATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTCCGCCAGACACCCCGCTATGACATtc > 1:972798/1‑140 (MQ=255) tGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCtttt < 2:2186729/140‑1 (MQ=255) aGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGTACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTCCGACAGAAATCGCGCTATGACCTTCTCCCTTTTTGGt > 1:771768/1‑140 (MQ=255) aGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGt > 1:2427899/1‑140 (MQ=255) aGCCCTAATCAGCGTCGCAGGACAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGt < 1:716290/140‑1 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aCCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACACTCCCCTCCGGCTTTACGCTGTTGATGGAAGATCt > 2:1139778/1‑140 (MQ=255) aCCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGCTGACAAATTTACTCGCTACTCCGGCTTTACGCTGTTGATGGAAGATCt > 2:796516/1‑140 (MQ=255) cGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGa > 1:237417/1‑140 (MQ=255) cGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGa > 1:2312915/1‑140 (MQ=255) aTTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGAGAAATTTACTCGCAACTACGGCATTAAGCTGTTGATGGAAGATCTGAac > 2:932685/1‑140 (MQ=255) aTTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAac > 1:489963/1‑140 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(MQ=255) gagTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATcc > 1:1560260/1‑140 (MQ=255) agTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTCCGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCg > 2:1043832/1‑140 (MQ=255) agTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCg > 2:2176903/1‑140 (MQ=255) agTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTACCCACGCCTGGCGAGATTATGCTCGGCGGCGGTAATcct > 1:1093777/1‑139 (MQ=255) agTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCCGTTGATAGAAGATCTGAACCCC‑GGTTTACTCACGCCTCGCCTCAGTATGCCCGGCGGCGGTAATCCg > 1:1021600/1‑140 (MQ=255) gTTCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACTACGGGTTTACGCGCGCATGGCGCGAGTATGATCGGCGGCGGTAATCCg > 2:758298/1‑140 (MQ=255) ttCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGCC‑GGTTTACGCACGCCTCGCGCGATTATGCTGGGCGGCGGTAGTCCGgc > 2:1000719/1‑140 (MQ=255) ttCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCGgc > 1:91342/1‑140 (MQ=255) ttCGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGAAAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCGgc > 2:1647920/1‑140 (MQ=255) cGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCGgcgg > 2:489727/1‑139 (MQ=255) cGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTACGCACACCTGGCGGGATAATGCTCGGCGGCGGTAATCCGgcgc > 1:749689/1‑140 (MQ=255) cGACAGACATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑CGTTTACACGCGCGTGGGGCGATTATTCTCGGCGGCGGTAATCCGgcgc > 2:648906/1‑140 (MQ=255) gacagacaTCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGACGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCGGCGCa > 1:2198157/1‑140 (MQ=255) | GGAAGCCGCCAACCAGGATAAAATGTCAGCCCTAATCAGCGTTGCAGGATAAAGCACCGCTCACTCTTCAACAGACCGATTTGCACCCCAGCAAATGTAGCGTTATTGTTACCTTCCTTGCTACAGAGTTCGACAGATATCCCGCTATGACATTCTCCCTTTTTGGTGACAAATTTACCCGCCACTCCGGCATTACGCTGTTGATGGAAGATCTGAACGAC‑GGTTTACGCACGCCTGGCGCGATTATGCTCGGCGGCGGTAATCCGGCGCA > NC_000913/3739559‑3739829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |