| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,504,246 | A→G | R63R (AGA→AGG) | yjhB → | putative sialic acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,504,246 | 0 | A | G | 99.6% | 881.6 / NA | 246 | R63R (AGA→AGG) | yjhB | putative sialic acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (119/125); total (119/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
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2:2331007/1‑136 (MQ=255) gACAGTGGCCTTCATAGCCAGGCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAACt > 2:2428098/1‑140 (MQ=255) gACAGTGGCCTTCATAGCCAGGCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAACt > 2:2363038/1‑140 (MQ=255) aCAGTGGCCTTCATAGCCAGGCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTAt > 2:262582/1‑128 (MQ=255) aCAGTGGCCTTCATAGCCAGGCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAACtt > 1:1355261/1‑140 (MQ=255) gTGGCCTTCATAGCCTGGCCTAATGTAGGCGGTTTTTATGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAACTtata < 1:709584/140‑1 (MQ=255) tGGCCTTCATAGCCAGGCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAACTtatat > 2:2381096/1‑140 (MQ=255) tGGCCTTCATAGCCAGGCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAACTtatat > 2:2024379/1‑140 (MQ=255) ttCATAGCCAGGCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAAc < 2:506204/129‑1 (MQ=255) ttCATAGCCAGGCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAAc > 1:506204/1‑129 (MQ=255) aTAGCCAGGCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACaa < 1:22316/124‑1 (MQ=255) gCCAGGCCTATTGGAGGTGGTTATTCTGGTGCCATGGGTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAACTTATATATGCTCGCAGt < 1:1001149/140‑1 (MQ=255) ccAGGCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAACTTATATATGCTCGCAGtt > 1:63733/1‑140 (MQ=255) ccAGGCCTATTGGAGGTCGTTTTTTTGGTGCAATGCCTGCTAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAACTTATATATGCTCGCAGtt < 2:964783/140‑1 (MQ=255) | GCATGGCTTGGATATGTATTTGATGGCTTTGATTTTATGATGATATTTTACATTCTTCATATTATAAAAGCAGATCTTGGCATTACGGATATTCAGGCTACTTTAATAGGGACAGTGGCCTTCATAGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATGATGATGTGGGCAATTTTCATTTACTCAGTCGGAACAGGCCTTAGCGGTATTGCTACAAACTTATATATGCTCGCAGTT > NC_000913/4504115‑4504381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |