Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 4,578,548 | G→A | Q264* (CAG→TAG) | mcrB ← | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme subunit McrB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,578,548 | 0 | G | A | 99.1% | 785.9 / ‑3.1 | 230 | Q264* (CAG→TAG) | mcrB | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme subunit McrB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (121/107); total (122/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GGGAACAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATACTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTGACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTC > NC_000913/4578411‑4578684 | gggAACAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATACTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAAc > 2:2195821/1‑140 (MQ=255) aCAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATACTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACaaaa < 2:320427/140‑1 (MQ=255) cAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATCCTTTTTCTCTGCCTACTCTTTCGCTTGCTAACaaaaa > 1:914525/1‑140 (MQ=255) cAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATACTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACaaaaa > 2:129621/1‑140 (MQ=255) cAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATACTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACaaaaa < 2:2489451/140‑1 (MQ=255) cAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATACTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACaaaaa > 1:2302921/1‑140 (MQ=255) cAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATACTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACaaaaa > 1:447153/1‑140 (MQ=255) cAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATACTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACaaaa > 2:2475063/1‑139 (MQ=255) cAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATACTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACaaa > 1:93132/1‑138 (MQ=255) aCCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATCAAAATATACTTTCTCTCTGGCTGCTCTTTACCTTGCTAACAAAAATTg > 2:679268/1‑140 (MQ=255) 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2:1362430/140‑1 (MQ=255) aaaaaTATACTTTTTCTCTGGCAGCTCTTTACCTTGCTATCAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGaa < 2:1027520/140‑1 (MQ=255) ataCTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCatat > 1:2122867/1‑140 (MQ=255) tgcTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCTATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCATAtt > 1:2034415/3‑140 (MQ=255) tttCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTg > 2:1949075/1‑126 (MQ=255) tttCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTg < 1:1949075/126‑1 (MQ=255) tttCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCATATTGAcgc > 2:2439959/1‑140 (MQ=255) ttCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCATATTGAcgcg > 2:836686/1‑140 (MQ=255) gctgctCTTTAGCTTGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCATATTGACGCGTTGCGGa < 1:1622437/140‑1 (MQ=255) ttAGCTTGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTtc > 2:1246699/1‑140 (MQ=255) gCTTGCTAACAAAAATCATAAATTATGCCGTCTATCCGTAGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTcc < 2:1120761/140‑1 (MQ=255) cTTGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTATTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCt > 1:243735/1‑140 (MQ=255) tGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGt < 2:280201/140‑1 (MQ=255) tGCTAACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACAGAACCATCTTGACGTGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGt > 1:1001937/1‑140 (MQ=255) | GGGAACAGACCAGTTTTCACCTCGTTTATCATGTTCCATTAACATCATCACTTCGCCAAATACTTTACTGAGATTGGCACGATTGATTTCATCTATAATAAAAATATACTTTTTCTCTGGCTGCTCTTTAGCTTGCTGACAAAAATTGTAAAATATGCCGTCTTTACGTCGGAAGCCGACGCCATTCGGACGATAGCCCTGTATAAAATCCTCATAGCTATAAGATTGATGGAACTGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTC > NC_000913/4578411‑4578684 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |