| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 535,831 | A→G | D41G (GAC→GGC) | hyi → | hydroxypyruvate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 535,831 | 0 | A | G | 99.5% | 656.2 / NA | 182 | D41G (GAC→GGC) | hyi | hydroxypyruvate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (97/84); minor base C (0/1); total (97/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
ATAAGGGAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTATTCCT‑GGCCGTGAAGAAGAGTTTCGGGATGG > NC_000913/535694‑535966 | aTAAGGGAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCa > 2:2010359/1‑140 (MQ=255) aGGGAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTg < 1:2010359/140‑1 (MQ=255) aGGGAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTg > 2:1966213/1‑140 (MQ=255) gggAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTATGGTTTTCCCGGAGTTCAATTTATGTTTCCGTATGACTACGGCATTga > 2:885614/1‑140 (MQ=255) ggAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTgaa < 1:2422083/140‑1 (MQ=255) ggAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTgaa < 1:565227/140‑1 (MQ=255) ggAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTgaa > 2:32591/1‑140 (MQ=255) ggAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTgaa > 2:565227/1‑140 (MQ=255) ggAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTgaa < 1:1499636/140‑1 (MQ=255) ggAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTgaa > 1:1464630/1‑140 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2:516908/1‑140 (MQ=255) ataaataaTGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAAt > 1:2247864/1‑140 (MQ=255) aatGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAAc < 2:135547/140‑1 (MQ=255) atGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACa > 2:2317961/1‑140 (MQ=255) tGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTg > 1:2173594/1‑126 (MQ=255) gTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACAtg > 1:1371832/1‑140 (MQ=255) ttACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTCCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACAtgt > 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cGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCt > 2:1835721/1‑140 (MQ=255) gTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTg < 2:1759757/140‑1 (MQ=255) tctcTGCTAATTTATCGATGTTTTTGGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCg < 1:781208/140‑1 (MQ=255) ctctGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGa > 2:236004/1‑140 (MQ=255) ctctGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGa > 2:1733187/1‑140 (MQ=255) ctctGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGa > 1:445454/1‑140 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tCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGa > 1:37017/1‑140 (MQ=255) tCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCAATGAAGAATTAAAACATATGCTGGCGAGTAATAAACTCGa > 2:933498/1‑140 (MQ=255) gTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATa < 1:1760185/140‑1 (MQ=255) tATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACg < 1:32591/140‑1 (MQ=255) ggAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGca < 1:1622941/140‑1 (MQ=255) agaATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGcaca > 1:2480002/1‑140 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ttttGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGGGACTggg > 1:966213/1‑140 (MQ=255) aaaGCTGCGCAGTGTAGTTTTCGCGGCGTAGAATTTAAGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCggg < 1:1069114/140‑1 (MQ=255) aaGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCgggg < 2:106254/140‑1 (MQ=255) aaGCTGCGCAGTGTGGTCTTCGTGGCGTTGACTTTATGTCTCCTTATGTCTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCgggg < 2:683895/140‑1 (MQ=255) gCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACGCGAACATAGGCTGCACGATTTACCGTCG‑GGGGGGTggggggggggggg > 2:701828/1‑139 (MQ=255) agacaggtgtGGTTTTCGCGGCGTTTAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAgc < 1:801296/134‑1 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1:996918/1‑140 (MQ=255) ggTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGc < 1:416021/140‑1 (MQ=255) gcggcgTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GTGGACTGGACGGGGGCGGGGCGCGGGATTGCCTGTAtt > 1:1002341/1‑140 (MQ=255) gcggcgTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTAtt < 1:1860745/140‑1 (MQ=255) gcggcgTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGGGAGTGGGCGGGGGGGGGGGGCGGGGTTTGCTGTAtt > 2:416021/1‑140 (MQ=255) gcggcgTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGGGACTGGGGGGAGGGGGGGGGAGGGATTGGCTGTAtt > 1:1026799/1‑140 (MQ=255) tGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTATTCCT‑GGcc < 1:2261355/140‑1 (MQ=255) tGTTTCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTATTCCT‑GGCCGTgaagaa < 1:366549/140‑1 (MQ=255) tGTTCCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTATTCCT‑GGCCGTgaagaa < 2:1481567/140‑1 (MQ=255) tCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGGGGCGGGGGGGCGCGGTAGTGCATGGATTCCTAGGCCG‑GAAGAagagg > 1:1055402/1‑139 (MQ=255) tCCTTATGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGCGGCTGGGCGGCGGGGGAGGGCGGGATTTCCTGTATTTCT‑CGCCCTGAAGGagagg > 1:1557654/1‑139 (MQ=255) tGACTACGGCATTGACGAATTACAACATGCGCTGGCGCGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTATTCCT‑GGCCGTGAAGAAGAGTTTCggg < 1:632282/140‑1 (MQ=255) tGACTACGGCATTGAAGTATTAGAACAGGTGTTGGGGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACATTTTACCGGCG‑GGTGACT‑GGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTATTCCT‑GGCCGTGAAGAAGAGTTTCGGGa < 2:972430/140‑1 (MQ=255) tGACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTATTCCT‑GGCCGTGAAGAAGAGTTTCggg < 2:2061325/140‑1 (MQ=255) gACTACGGCATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTATTCCT‑GGCCGTGAAGAAGAGTTTCGGGa < 2:1803197/140‑1 (MQ=255) tACGGCATTGAAGAATTAAAACATGAGCTTGCGAGTACTAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTATTCCT‑GGCCGTGAAGAAGAGTTTCGGGATgg < 1:1011918/140‑1 (MQ=255) | ATAAGGGAGATAAATAATGTTACGTTTCTCTGCTAATTTATCGATGTTATTTGGAGAATATGATTTTCTCGCCCGTTTTGAGAAAGCTGCGCAGTGTGGTTTTCGCGGCGTTGAATTTATGTTTCCTTATGACTACGACATTGAAGAATTAAAACATGTGCTGGCGAGTAATAAACTCGAACATACGCTGCACAATTTACCGGCG‑GGTGACTGGGCGGCGGGGGAGCGCGGTATTGCCTGTATTCCT‑GGCCGTGAAGAAGAGTTTCGGGATGG > NC_000913/535694‑535966 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |