| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 694,215 | A→G | D247D (GAT→GAC) | miaB ← | isopentenyl‑adenosine A37 tRNA methylthiolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 694,215 | 0 | A | G | 99.0% | 329.9 / NA | 95 | D247D (GAT→GAC) | miaB | isopentenyl‑adenosine A37 tRNA methylthiolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (49/45); minor base C (1/0); total (50/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTACGGATGATCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTCACCACGCCAGGCGTTCACG > NC_000913/694080‑694350 | tttACGGATGATCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATGtcgt < 2:254457/140‑1 (MQ=255) tACGGATGATCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCACCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATGtcgtcg < 2:1680168/140‑1 (MQ=255) cGGATGATCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTTTCGCGATACACTTCGATGATGTCGTCGGt > 1:1087248/1‑140 (MQ=255) atCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGTCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTc > 2:578768/1‑140 (MQ=255) atCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCATCAGCTCCGGCGTGTGGGGATACACTGCGATGCTGTCGTCGGTGAATTc > 2:1187178/1‑140 (MQ=255) atCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGGTACTCTGCGATGACGTCGTCGGTGaactg > 1:1047107/1‑137 (MQ=255) atCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTc > 2:276161/1‑140 (MQ=255) atCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTc < 1:2221219/140‑1 (MQ=255) atCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTGCGATGATGTCGTCGGTGAATTc > 1:1196871/1‑140 (MQ=255) atCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGACGTATTGAGATACACTGCGATACTGTCGTCGGTGAATTc > 2:1097505/1‑140 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cGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGAAGCAGATCGGCGAACGATCCGATGGTGCCGTCGTAGt > 1:1026299/1‑140 (MQ=255) ggCGTGTCGCGATACGCTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATACCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGtt < 1:837975/140‑1 (MQ=255) gtgtCGCGATACACTTCTATGAAGTCGTCGGAGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTc < 2:776247/140‑1 (MQ=255) tCGCGATACACTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTcacc > 1:431043/1‑140 (MQ=255) tCGCGATACACTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTcacc > 1:1510728/1‑140 (MQ=255) tCGCGATACACTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTcacc > 1:1420477/1‑140 (MQ=255) tCGCGATACACTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGACCGGCAAATGATCCGATGGTGCTGTCGTAGTTTTcacc > 1:806151/1‑140 (MQ=255) cgcgATACACTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTcacca < 1:578768/140‑1 (MQ=255) gATACACTTCGATGATGGCGTCTGTGAATTCAATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTCACCACGc < 2:901333/140‑1 (MQ=255) cacTTCGATGATGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGCCGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTCACCACGCCAgg < 1:276161/140‑1 (MQ=255) gatgatGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCATACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTCACCACGCCAGGCGTTCa > 2:622763/1‑140 (MQ=255) tgatGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTCACCACGCCAGGCGtt > 1:2266945/1‑136 (MQ=255) tgatGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTCACCACGCCAGGCGtt < 2:2266945/136‑1 (MQ=255) tgatGTCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCAGTGGTGCAGTCGTAGTTTTCAACACGCCAGGCGTTCACg > 2:674026/1‑140 (MQ=255) | TTTACGGATGATCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGTTTTCACCACGCCAGGCGTTCACG > NC_000913/694080‑694350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |