Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 773,511 | A→G | Y157C (TAC→TGC) | cydB → | cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 773,511 | 0 | A | G | 99.1% | 395.1 / NA | 112 | Y157C (TAC→TGC) | cydB | cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (50/61); total (51/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AGAAACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGC > NC_000913/773374‑773646 | agaaACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTgca < 1:326520/140‑1 (MQ=255) aCCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCgg > 1:148367/1‑140 (MQ=255) aCCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTGGATAAATATCTGCATCTGTACTGCACCgg > 1:716438/1‑140 (MQ=255) cccGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGt > 1:2210244/1‑140 (MQ=255) cGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTaa < 1:2197687/140‑1 (MQ=255) aaCATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCa < 1:1997035/140‑1 (MQ=255) aaCATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTACGTATGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCa > 1:924890/1‑140 (MQ=255) aCATGTGGGACTGGGTCATCTTGATTGGTAGCTTCGTACCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAg < 1:983860/140‑1 (MQ=255) tgGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACAGCGCCGGTATCTTCTTCCAGTTGCt > 1:1037213/1‑140 (MQ=255) gACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTaa < 1:1593035/140‑1 (MQ=255) cTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAAcc > 1:2000935/1‑140 (MQ=255) tGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCTGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAAccc > 2:1358638/1‑140 (MQ=255) ggggCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGACTATCTGCGACTGGACTACACCGGTAACTTCGTCCAGTTGCTTAACCCg > 2:790281/1‑140 (MQ=255) ggggCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCg > 2:610791/1‑140 (MQ=255) ggggCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCg > 1:1631508/1‑140 (MQ=255) gggCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGt > 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aGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAgg > 2:589867/1‑140 (MQ=255) gCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTGACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGc < 2:1284024/140‑1 (MQ=255) gCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTGGGCCTGCTGGCAGGc > 1:869478/1‑140 (MQ=255) gCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTGCTTCCAGATGCATAGCCCGTTGGGCCTGCTGGCAGGc > 1:636038/1‑140 (MQ=255) cTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCg > 2:1233589/1‑140 (MQ=255) ttCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCgt > 2:1845305/1‑140 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tCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGa > 2:1415554/1‑140 (MQ=255) ccgccgCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAACATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAg < 2:1864037/140‑1 (MQ=255) ccgcTGGTAATTGGTGTCGCGTACGGTAACCCGTTCCAGCGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGt < 2:924890/140‑1 (MQ=255) ccgcTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGt < 1:2451985/140‑1 (MQ=255) cgcTGGTAATTGGTGCAGCGTTAGGCAACTTGTTGCATGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTa < 1:1158819/140‑1 (MQ=255) cTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCgtggt < 1:2406806/131‑1 (MQ=255) cTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAgg > 1:1525100/1‑140 (MQ=255) tGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCTCCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAggg < 1:268689/140‑1 (MQ=255) tGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAggg < 2:1368071/140‑1 (MQ=255) gTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAGCCTGTTGCCGGGGGTAACGTTCAACTTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgat < 2:1002113/140‑1 (MQ=255) gTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgat < 2:41431/140‑1 (MQ=255) gTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgat < 1:1381716/140‑1 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tCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTg > 2:1830653/1‑140 (MQ=255) aaCGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTggg < 1:394000/140‑1 (MQ=255) aaCGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTggg > 2:394000/1‑140 (MQ=255) cGTTGATGAATATCTGCTTCTGTACTGCACCCGTACCTTATTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCg < 2:636038/140‑1 (MQ=255) tgatgaATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAAc > 2:1940977/1‑140 (MQ=255) atgaATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTg < 2:2301898/140‑1 (MQ=255) atgaATATCTGCGTCGGTACTGCACTGGTCACTTCTTACAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTg < 1:1214864/140‑1 (MQ=255) tgaATATCTGCGTCTGTACTGCCCCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGc < 1:1076960/140‑1 (MQ=255) tgaATATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGc < 1:1988413/140‑1 (MQ=255) aaTATCTGCGTCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCAc < 1:1845305/140‑1 (MQ=255) tCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTAc > 1:193256/1‑138 (MQ=255) tCTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTAc < 2:193256/138‑1 (MQ=255) cTGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCg > 1:1756714/1‑140 (MQ=255) tGTACTGCACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGt > 2:2314737/1‑140 (MQ=255) tactgcACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGc > 2:1786981/1‑140 (MQ=255) | AGAAACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATCATTACTCAGGGCGCAACCTATCTGCAAATGCGTACCGTGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGC > NC_000913/773374‑773646 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |