| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 871,446 | C→T | G160G (GGC→GGT) | gsiC → | glutathione ABC transporter membrane subunit GsiC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 871,446 | 0 | C | T | 99.0% | 329.3 / NA | 96 | G160G (GGC→GGT) | gsiC | glutathione ABC transporter membrane subunit GsiC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (53/42); total (53/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTA > NC_000913/871309‑871577 | gcggcgGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggttg > 1:2106170/1‑140 (MQ=255)gcggcgGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggttg > 1:1544914/1‑140 (MQ=255) cggcggGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTTCTCTGGGGATGGTTTTAATTCAGGAATTCCCCGTTGAACTGggttgg > 2:1026880/1‑140 (MQ=255) cggcggGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGggttgg < 2:1544914/140‑1 (MQ=255) 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< 1:1008883/140‑1 (MQ=255) ttGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACt < 2:2098413/140‑1 (MQ=255) ttGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACt < 2:1251924/140‑1 (MQ=255) ttGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACt < 2:2254010/140‑1 (MQ=255) ttGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACt < 2:289536/140‑1 (MQ=255) ggCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTAc > 1:357511/1‑140 (MQ=255) ccGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGTTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACAt > 2:554734/1‑140 (MQ=255) cGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACAtt < 2:2450776/140‑1 (MQ=255) gATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACAtttt > 2:2223853/1‑140 (MQ=255) aTCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgca < 2:1290570/127‑1 (MQ=255) aTCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgca > 1:1290570/1‑127 (MQ=255) aTCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTa > 2:2117094/1‑140 (MQ=255) aTCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTa > 1:314426/1‑140 (MQ=255) tCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTAc < 1:2117094/140‑1 (MQ=255) cGATTGAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTAcc < 1:279425/140‑1 (MQ=255) tATGACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGa > 2:1322199/1‑140 (MQ=255) gACCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAATACATTTTACCCTCCCTGACGc > 2:946577/1‑140 (MQ=255) aCCATTGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCt < 2:1384612/140‑1 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tGCGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGGTGGCAGCGCTATATGTTACCCTCCCTGACGCTCGgcg > 1:675142/1‑140 (MQ=255) cGGTGTCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGCGCAGACAGCTGGAAGCGCTACATTTCACCCTCCCTGACGCTCGGcgcg > 2:924870/1‑140 (MQ=255) gtgtCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGc > 2:1433983/1‑140 (MQ=255) tCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGt > 1:1385508/1‑140 (MQ=255) tCGGGGATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGt > 1:1743446/1‑140 (MQ=255) gggATCTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGTTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGgc < 2:255549/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |