| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 897,059 | A→G | Q309R (CAG→CGG) | potH → | putrescine ABC transporter membrane subunit PotH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 897,059 | 0 | A | G | 99.4% | 587.9 / NA | 168 | Q309R (CAG→CGG) | potH | putrescine ABC transporter membrane subunit PotH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (77/90); total (77/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
GCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCT > NC_000913/896924‑897195 | ccGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGCCTGGCCGGAGGCCTCGGCGATACCGAACACCCTTTTGGTGCTGCTAATTGTGCCGTTAATGTGGCTCAACAAACACCTGGaaaa > 2:2393444/1‑140 (MQ=255) ccGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCaaaa < 2:1036260/140‑1 (MQ=255) cGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCaaaaa > 2:1840153/1‑140 (MQ=255) cAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCg < 2:1226109/140‑1 (MQ=255) cAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCg < 2:1776418/140‑1 (MQ=255) catcatGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGTTAATTGTGTCGAGATTCTGGTTCCACAAACCCCGGCAAAAAAGCGTgg > 2:1112560/1‑140 (MQ=255) catcatGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTgg < 1:172557/140‑1 (MQ=255) catcatGATCGGGCGAGTGCTACGGTAAGCGTTTTTCCATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTgg < 1:1138435/140‑1 (MQ=255) aTCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAaca < 2:1508884/140‑1 (MQ=255) aTCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAaca < 1:1620557/140‑1 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tgCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgctgatgc > 1:1643407/1‑140 (MQ=255) gCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgctgatgct < 2:349806/140‑1 (MQ=255) ccGATAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgctgatgctg < 2:1921183/140‑1 (MQ=255) aTAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgctgatg > 1:1547580/1‑134 (MQ=255) aTAATGTGGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgctgatg < 2:1547580/134‑1 (MQ=255) tgtgGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCt < 2:212641/140‑1 (MQ=255) tgtgGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCt < 2:135331/140‑1 (MQ=255) tgGTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTTGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTaa < 2:1817694/140‑2 (MQ=255) ggTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCACCAATGCTGATGCTGGTTATCTAtt > 1:2401539/1‑140 (MQ=255) gTTCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAatgctgatg > 1:1228656/1‑126 (MQ=255) tCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGTGCTTTACCGTTCCCAACGCGCCAATGCTGAAGCTGGTTAACTATTCGt > 2:1184040/1‑140 (MQ=255) tCCACAAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCGTTCCCTATGCGCCAATGCTGAGGCTGGTTATCTATTCGt > 2:751081/1‑140 (MQ=255) cacaAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGttt > 1:2083552/1‑140 (MQ=255) caAACACCGGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGTTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTaa > 2:1773755/1‑140 (MQ=255) aaaCACCGGCAAAAAAGCGTGGCAGAACACGGATGAAAAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAAc < 1:882718/140‑1 (MQ=255) | GCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCT > NC_000913/896924‑897195 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |