| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,122,625 | C→T | intergenic (‑18/+88) | pyrC ← / ← yceB | dihydroorotase/putative lipid‑binding lipoprotein YceB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,122,625 | 0 | C | T | 99.1% | 364.7 / NA | 107 | intergenic (‑18/+88) | pyrC/yceB | dihydroorotase/putative lipid‑binding lipoprotein YceB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (57/49); total (58/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
AGCCCGTCCATAAATTTCGCTGGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGCTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATAAAGGGCGCGAATGCGCCCTCGTGATTAATCAGTAAATGGAATGACAATTTCGCCTGGCTTCACTTCAATGC > NC_000913/1122488‑1122759 | aGCCCGTCCATAAATTTCGCTGGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTg < 1:448791/140‑1 (MQ=255)aGCCCGTCCATAAATTTCGCTGGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTg > 1:1719422/1‑140 (MQ=255) gCCCGTCCATAAATTCCGCTGGTATGTGGGACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATTCCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGa < 1:860856/140‑1 (MQ=255) cGTCCATAAATGTCGCTTGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGTCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAgg < 2:786981/140‑1 (MQ=255) tCCATAAATTTCGCTGGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGa > 2:1399095/1‑140 (MQ=255) tCCATAAATTTCGCTGGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGa > 1:210971/1‑140 (MQ=255) ccATAAATTTCGCTGGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGAt > 2:1584447/1‑140 (MQ=255) tttCGCTGGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTg < 1:2070548/140‑1 (MQ=255) cGCTGGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCg < 2:210971/140‑1 (MQ=255) cGCTGGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCg > 2:1503781/1‑140 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2:882560/140‑1 (MQ=255) atatGGCAGGACAGTTATTAACTTGTCGCCTTCTCTGAGTTGAAGGTGGCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACaa < 2:1207217/140‑1 (MQ=255) atatGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACaa < 2:1790032/140‑1 (MQ=255) ggCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTGGAACGGGTGTTTTAGCCGGACACAAAGGa > 1:726704/1‑140 (MQ=255) cACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATa > 2:107218/1‑140 (MQ=255) cGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAg > 2:1220088/1‑140 (MQ=255) cGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATC‑CTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGc > 1:1445038/1‑140 (MQ=255) cGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAACCTCTATGCGCCGATTGAAGGGATGTGTTTGACGGACACAAAGGATAAg > 2:781127/1‑140 (MQ=255) gACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGc > 1:1997299/1‑140 (MQ=255) gACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTACGGCTAAAAGGATGTTCTTGCCTGACACAATGGATAAGc > 2:1162636/1‑140 (MQ=255) gACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTAGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGc > 1:2104876/1‑140 (MQ=255) cAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCgg < 1:1584447/140‑1 (MQ=255) cAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCgg < 1:1249117/140‑1 (MQ=255) aggTTTTTAACATGTGGCCATCTCGAAGGAGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCgg < 1:840107/138‑1 (MQ=255) gTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTCTGCTCCGGTTGAGGGGATGTTTTTGCCGGATACAAAGGATAAGCGGaa > 2:868174/1‑140 (MQ=255) tttttAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTGGAACGCAGTTTTTTGCAGGACTGAAAGGATCAGCGGaaa > 2:1207593/1‑140 (MQ=255) tGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCt > 2:1568602/1‑140 (MQ=255) gTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCgg < 2:1308370/127‑1 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cgcgGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGaa > 1:2424565/1‑140 (MQ=255) gcgGAGGTGAAGGTGACAGTCGTCTTGGCGGCGGATCCTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGaaa < 1:1207593/140‑1 (MQ=255) gAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAAt > 2:1694840/1‑140 (MQ=255) gTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATaaa < 2:1719422/140‑1 (MQ=255) gTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATaaa < 2:1649598/140‑1 (MQ=255) aaGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATC‑CTATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATAAAGGgc < 2:1445038/140‑1 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(MQ=255) ctATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACATAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATAAAGGGCGCGAATGCGCCCTCGTGATGAATAAGTCAATGGAATAACAATTTCGCCTGGcttcactt > 2:819168/1‑140 (MQ=255) ctATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATAAAGGGCGCGAATGCGCCCTCGTGATTAATCAGTAAATGGAATGACAATTTCGCCTGGcttcactt > 1:2114664/1‑140 (MQ=255) ctATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATAAAGGGCGCGAATGCGCCCTCGTGATTAATCAGTAAATGGAATGACAATTTCGCCTGGctt > 2:1632286/1‑135 (MQ=255) tATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATAAAGGGCGCGAATGCGCCCTCGTGATTAATCAGTAAATGGAATGACAATTTCGCCt > 2:1883077/1‑129 (MQ=255) tATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATAAAGGGCGCGAATGCGCCCTCGTGATTAATCAGTAAATGGAATGACAATTTCGCCt < 1:1883077/129‑1 (MQ=255) tATGCTCCGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATAAAGGGCGCGAATGCGCCCTCGTGATTAATCAGTAAATGGAATGACAATTTCGCCTGGcttcacttc > 1:1633821/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGTTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATAAAGGGCGCGAATGCGCCCTCGTGATTAATCAGTAAATGGAATGACAATTTCGCCTGGcttc < 2:2396335/128‑1 (MQ=255) | AGCCCGTCCATAAATTTCGCTGGTATATGGCACGACAGTTTTTAACATGTCGCCATCGCGGAGGTGAAGGTGCCAGTCGTCTGGGCGGCGGATCTTTAATACCTGGGATGGTGCAGTCATTAATCTCTATGCTCCGGCTGAAGGGATGTTTTTGCCGGACACAAAGGATAAGCGGAAACGTTTTCCTTTGCACGAAAAATAAAGGGCGCGAATGCGCCCTCGTGATTAATCAGTAAATGGAATGACAATTTCGCCTGGCTTCACTTCAATGC > NC_000913/1122488‑1122759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |