| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,406,101 | C→T | intergenic (+116/‑89) | purA → / → nsrR | adenylosuccinate synthetase/DNA‑binding transcriptional repressor NsrR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,406,101 | 0 | C | T | 99.1% | 392.4 / ‑4.5 | 112 | intergenic (+116/‑89) | purA/nsrR | adenylosuccinate synthetase/DNA‑binding transcriptional repressor NsrR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (49/62); total (49/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CGCGACCCGTTCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCCCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTATCATCAATATAAATGTATTTTTTCCCGATTTCCCTTTTGAGGTTGATGTGCAGTTAACGAGTTTCACTGATTACGGATTACGTGCGCT > NC_000913/4405965‑4406230 | cgcgACCCGTTCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGa < 2:909087/140‑1 (MQ=255)cgcgACCCGTTCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGa > 2:721793/1‑140 (MQ=255) cgACCCGTTCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAAc < 1:539267/140‑1 (MQ=255) cgACCCGTTCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAAc < 1:1419459/140‑1 (MQ=255) cccGTTCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGa < 1:621302/140‑1 (MQ=255) tCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGaaataa < 1:582238/140‑1 (MQ=255) tCGACGCGTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCAGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACCCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGaaataa < 2:1530630/140‑1 (MQ=255) cgTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGAAATAAATTAGc > 2:1661473/1‑140 (MQ=255) gTAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGAAATAAATTAGCg > 2:1041477/1‑140 (MQ=255) tAATTCTGGTACGCCTGGCAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGAAATAAATTAGCGa < 1:894735/140‑1 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cAGATATTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGtt < 1:988015/140‑1 (MQ=255) tatTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTatc < 2:860150/140‑1 (MQ=255) atTTTGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTatca > 2:1132500/1‑140 (MQ=255) ttttGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTatcat < 1:2718/140‑1 (MQ=255) ttttGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTatcat < 2:182019/140‑1 (MQ=255) tttGCCTGCCGGGCGAACAGTGTGATACATTGCTGTGTCGGGTAAGCCATTACGCTATCCGACACAGTGTTAAATCCTCGCTTTTTTCCTTCCTCGAACTGAAATAAATTAGCGACACAGCTTGTGGCTGGTTTatcatc < 1:1014266/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |