Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,602,617 | A→G | V81A (GTG→GCG) | yjjP ← | putative succinate exporter YjjP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,602,617 | 0 | A | G | 97.9% | 327.8 / ‑2.7 | 95 | V81A (GTG→GCG) | yjjP | putative succinate exporter YjjP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (49/44); total (50/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
GAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCACATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGCCCGACCCAGTCG > NC_000913/4602482‑4602753 | gAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATg < 2:443394/140‑1 (MQ=255) gAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATg < 1:827158/140‑1 (MQ=255) gAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATg < 2:29778/140‑1 (MQ=255) aaCCATTAAGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTaa > 1:1348966/1‑140 (MQ=255) aCCATTAAGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAAt > 2:1377157/1‑140 (MQ=255) aaGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCcgcg > 2:1599214/1‑140 (MQ=255) ggCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGAt < 2:1240000/140‑1 (MQ=255) cTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCg < 2:1348966/140‑1 (MQ=255) aCCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCcg < 1:553233/132‑1 (MQ=255) aCCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCcg > 2:553233/1‑132 (MQ=255) aCCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTg > 2:171301/1‑140 (MQ=255) aCCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTg > 2:383715/1‑140 (MQ=255) gggTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTTAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACgtgt < 2:1659267/140‑1 (MQ=255) gggTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACgtgt < 2:756050/140‑1 (MQ=255) ggTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTc > 2:536531/1‑140 (MQ=255) aCGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATg < 1:418210/140‑1 (MQ=255) cGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGAttttt > 2:294487/1‑128 (MQ=255) cGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGAttttt < 1:294487/128‑1 (MQ=255) cGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACgtgt > 1:143962/1‑134 (MQ=255) cGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACgtgt < 2:143962/134‑1 (MQ=255) cGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGt > 2:1570216/1‑140 (MQ=255) cGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGt > 2:1611633/1‑140 (MQ=255) cGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGt > 1:437497/1‑140 (MQ=255) gTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTc < 2:276572/140‑1 (MQ=255) aTGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAgg < 2:437497/140‑1 (MQ=255) tGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGc > 1:554589/1‑140 (MQ=255) tGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGc > 1:315067/1‑140 (MQ=255) ggCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCa < 1:1377157/140‑1 (MQ=255) gAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGc < 1:1570216/140‑1 (MQ=255) aaTTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCa < 1:307963/135‑1 (MQ=255) aaTTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCa > 2:307963/1‑135 (MQ=255) aTTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCGGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGccc < 2:1066362/140‑1 (MQ=255) aTTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGccc < 1:536531/140‑1 (MQ=255) aTTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGccc < 1:1564941/140‑1 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aaTCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGccc > 2:381344/1‑131 (MQ=255) aaTCGTTTCTCTACGCCTTTGTAA‑CCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATa < 1:961093/140‑1 (MQ=255) aTCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATa < 1:1611633/140‑1 (MQ=255) ttCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAg < 2:116897/136‑1 (MQ=255) ttCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAg > 1:116897/1‑136 (MQ=255) ttCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGt < 2:131583/140‑1 (MQ=255) 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cagATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAgaga > 1:375805/1‑140 (MQ=255) cagATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAgaga > 2:359015/1‑140 (MQ=255) cagATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCA‑CTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGAt > 2:876205/1‑140 (MQ=255) gCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACtt > 1:122290/1‑140 (MQ=255) cTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGTCTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACttt > 2:962051/1‑140 (MQ=255) cGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATTGAACTTTCGa > 2:1042909/1‑140 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2:1546064/135‑1 (MQ=255) cTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTg > 2:769932/1‑140 (MQ=255) cTGGACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTg < 2:315067/140‑1 (MQ=255) ggtcTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGcc < 1:962051/137‑1 (MQ=255) ggACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGcc < 1:78841/140‑1 (MQ=255) ggACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGcc < 1:903510/140‑1 (MQ=255) gACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGccc > 2:884780/1‑140 (MQ=255) gACTTCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGccc > 1:17544/1‑140 (MQ=255) tCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGCCCGAcc < 1:810789/140‑1 (MQ=255) tCAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGCCCGAcc < 2:17544/140‑1 (MQ=255) cAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGTCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGCCCGAccc > 1:71930/1‑140 (MQ=255) cAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGcc < 1:1066051/134‑1 (MQ=255) cAGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGcc > 2:1066051/1‑134 (MQ=255) aGTCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGCCCGACCCa < 1:769932/140‑1 (MQ=255) tCACCGCATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGCCCGACCCAGt > 1:1618652/1‑140 (MQ=255) accgcATGCAGATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGCCCGACCCAGTCg > 2:71309/1‑140 (MQ=255) | GAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGCTCCGCAAGAATCACAATGTGCTGGACTTCAGTCACCACATGCATATTAATGCCGCGATCGTGATTTTTACGTGTCGATGTCAGGCATTGCCCATCTTTAATAGTTGTCAGCACTATGGCGTTCGAAGAGATAGAACTTTCGACGCTGTCCATTCCCAGTGCCCGACCCAGTCG > NC_000913/4602482‑4602753 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |