| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,367,774 | (C)6→7 | intergenic (+132/‑53) | yhcF → / → yhcG | DUF1120 domain‑containing protein YhcF/DUF1016 domain‑containing protein YhcG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,367,768 | 1 | . | C | 98.2% | 189.7 / ‑3.3 | 55 | intergenic (+126/‑59) | yhcF/yhcG | DUF1120 domain‑containing protein YhcF/DUF1016 domain‑containing protein YhcG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (30/24); total (31/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
TAGTCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑CCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGC > NC_000913/3367629‑3367901 | tAGTCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑a < 2:827908/140‑1 (MQ=255) aGTCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑c < 2:757094/140‑1 (MQ=255) aGTCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑c < 2:735395/140‑1 (MQ=255) aGTCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑c < 1:369074/140‑1 (MQ=255) tCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑ccc < 2:627333/140‑1 (MQ=255) tCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑ccc < 2:5141/140‑1 (MQ=255) tACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTTGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGCAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑ccccc > 2:418124/1‑140 (MQ=255) aCTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑cccccc < 2:198331/140‑1 (MQ=255) aCTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑cccccc < 2:184055/140‑1 (MQ=255) ttGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑ccccccca > 1:154967/1‑138 (MQ=255) ttGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑ccccccca > 2:787820/1‑138 (MQ=255) ttGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑ccccccca < 2:409926/140‑3 (MQ=255) ttGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑ccccccca < 2:154967/140‑3 (MQ=255) ttGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑ccccccca < 1:787820/140‑3 (MQ=255) ttGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGCGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑ccccccca < 2:807663/140‑3 (MQ=255) aTAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGta > 1:772926/1‑140 (MQ=255) aaCAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATGCGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTCTC‑CCCCCCAGAGtata < 2:144637/140‑1 (MQ=255) aaTGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCt < 2:287818/140‑1 (MQ=255) tGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCa > 2:496150/1‑140 (MQ=255) tGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCa < 2:110766/140‑1 (MQ=255) gCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCAt > 1:757009/1‑140 (MQ=255) aCAGGAGTACTACCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCat > 1:507341/1‑140 (MQ=255) aGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCatta > 1:808728/1‑140 (MQ=255) gAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCattatt > 2:331330/1‑140 (MQ=255) cTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACt < 2:808728/140‑1 (MQ=255) cTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACt > 2:529917/1‑140 (MQ=255) cTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACt > 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1:230745/140‑1 (MQ=255) ataCGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGa < 2:109073/140‑1 (MQ=255) ataCGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGa < 1:496150/140‑1 (MQ=255) aCGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACa < 2:757009/140‑1 (MQ=255) aCGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACa < 1:744644/140‑1 (MQ=255) aTCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCt < 1:725918/122‑1 (MQ=255) aTCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCt > 2:725918/1‑122 (MQ=255) aTCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGAt > 2:395940/1‑140 (MQ=255) gTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATg > 2:455897/1‑140 (MQ=255) aaTGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGaa < 2:65369/140‑1 (MQ=255) aTGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAAt < 1:455897/140‑1 (MQ=255) tCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGctc < 1:331330/140‑1 (MQ=255) aGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCtctc > 2:55210/1‑140 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1:223156/140‑1 (MQ=255) tGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCac > 1:359996/1‑140 (MQ=255) gTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacg > 1:791762/1‑140 (MQ=255) tAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacga < 1:718142/140‑1 (MQ=255) aTACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCacgacg > 2:333866/1‑140 (MQ=255) tACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACgg < 1:451284/140‑1 (MQ=255) aaCGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACgg < 2:561522/139‑1 (MQ=255) aCGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGt < 2:507341/140‑1 (MQ=255) ttCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACgg < 1:530048/133‑1 (MQ=255) ttCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACgg > 2:530048/1‑133 (MQ=255) ttCTTAATTGTTCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTattatt > 1:317075/1‑140 (MQ=255) ttCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCg > 2:409520/1‑140 (MQ=255) ttCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCg > 1:206641/1‑140 (MQ=255) ttCAGTGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCg > 1:531522/1‑140 (MQ=255) tGCTC‑ACCCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAgc > 2:685350/1‑140 (MQ=255) | TAGTCTACTTGTGATAACAATGCCGGACAGGAGTACTATCAGGCATTCGTTTTATACGATCGGTTAATGTTTCAGGAAAGCTCTTCGCATATCTTGGGGAAAGTAAATGTAATACGCTGTTCTTAATTGTTCAGTGCTC‑A‑CCCCCCAGAGTATAGCTCATTCCATTATTCAACTTAGCTCCATATAAAGGGACAGATAATGGAATCGCTCTCAGAAGGAACCACAGCAGGCTACCAGCAAATCCACGACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGC > NC_000913/3367629‑3367901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |