| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,862,532 | Δ1 bp | intergenic (‑103/‑239) | msrB ← / → gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,862,530 | 0 | A | . | 98.3% | 238.0 / ‑1.9 | 59 | intergenic (‑101/‑241) | msrB/gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (31/27); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
ATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCA > NC_000913/1862391‑1862662 | aTTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTcgacga < 1:553272/140‑1 (MQ=255) tttttCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGaatgg < 2:260795/140‑4 (MQ=255) tttttCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCT‑‑CATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCt < 1:190466/140‑1 (MQ=255) ttttCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGaatggc < 1:903388/140‑5 (MQ=255) ttttCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGaatggc < 1:1166086/140‑5 (MQ=255) ttttCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGaatggc < 1:326222/140‑5 (MQ=255) ttCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTg < 1:551630/140‑1 (MQ=255) ggTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGaa > 2:519801/1‑140 (MQ=255) ttattaGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACCGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAAt < 1:1045981/140‑1 (MQ=255) cATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACAtttt > 1:1037653/1‑140 (MQ=255) cATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACAtttt > 2:456181/1‑140 (MQ=255) cATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACAtttt > 2:873901/1‑140 (MQ=255) ttGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTAt > 2:104409/1‑140 (MQ=255) ttGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTAt < 2:145180/140‑1 (MQ=255) ctcACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGcc < 2:329275/140‑1 (MQ=255) aCTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCtt > 1:688454/1‑140 (MQ=255) aaTCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTaaaa > 2:965943/1‑140 (MQ=255) tCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAAtt > 2:70436/1‑140 (MQ=255) tCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAAtt > 2:515319/1‑140 (MQ=255) cTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCGCCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCgggg > 2:564619/1‑140 (MQ=255) cTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCgggg > 2:974170/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGAccc > 2:1007314/1‑140 (MQ=255) cGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGAccc > 2:130374/1‑140 (MQ=255) cGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGAccc > 2:52051/1‑140 (MQ=255) cGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGAccc > 2:919109/1‑140 (MQ=255) gTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGAcccc > 2:365524/1‑140 (MQ=255) gTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGAcccc > 1:203582/1‑140 (MQ=255) aCTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCAt > 1:11552/1‑140 (MQ=255) tGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCAtgtg < 2:1037653/140‑1 (MQ=255) tGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCAtgtg > 2:1187972/1‑140 (MQ=255) tCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGtct > 2:371117/1‑140 (MQ=255) tAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCa < 2:22799/140‑1 (MQ=255) tAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCa < 1:485850/140‑1 (MQ=255) tAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCa < 1:519801/140‑1 (MQ=255) tAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCa < 1:873901/140‑1 (MQ=255) aaaaCATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGcc < 1:104409/140‑1 (MQ=255) aaCATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCa < 2:470776/140‑1 (MQ=255) tAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGa > 2:21749/1‑140 (MQ=255) acacCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAag > 1:471611/1‑140 (MQ=255) acCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAagag < 1:21749/140‑1 (MQ=255) aaCTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGa > 2:938133/1‑140 (MQ=255) aaCTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGa < 1:456181/140‑1 (MQ=255) aaCTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGa > 2:166401/1‑140 (MQ=255) aCTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAg > 1:907726/1‑140 (MQ=255) gCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGa > 1:602038/1‑140 (MQ=255) gCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGa > 2:751344/1‑140 (MQ=255) cAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGag > 2:214814/1‑140 (MQ=255) aaaaTTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGagt < 1:751344/140‑1 (MQ=255) aaaaTTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGagt < 2:381088/140‑1 (MQ=255) aTTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGagtcag < 2:688454/140‑1 (MQ=255) aTTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGagtcag < 2:203582/140‑1 (MQ=255) gTCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTcgcg > 1:982659/1‑140 (MQ=255) tCCTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGt < 1:52051/140‑1 (MQ=255) cTAAACTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTaa < 2:907726/140‑1 (MQ=255) aaCTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGc > 1:102286/1‑140 (MQ=255) cTTGATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCtt < 2:102286/140‑1 (MQ=255) gATCTCGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAgg > 1:176444/1‑140 (MQ=255) tctcGACG‑AATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGca < 2:982659/140‑1 (MQ=255) | ATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCA > NC_000913/1862391‑1862662 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |