| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 699,393 | (G)5→6 | intergenic (‑216/+181) | asnB ← / ← umpH | asparagine synthetase B/UMP phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 699,388 | 1 | . | G | 96.5% | 193.8 / ‑0.2 | 58 | intergenic (‑211/+186) | asnB/umpH | asparagine synthetase B/UMP phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (23/33); total (24/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
TGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTAC‑GGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGCAGGAGCT‑GCGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGG > NC_000913/699252‑699521 | tgCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTAC‑ggg > 2:99804/1‑140 (MQ=255)tgCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTAC‑ggg < 1:718144/140‑1 (MQ=255)tgCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTAC‑ggg > 1:44227/1‑140 (MQ=255)tgCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTAC‑ggg > 1:3304/1‑140 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1:676949/140‑1 (MQ=255) tatttattGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGaaaa > 2:139314/1‑140 (MQ=255) tatttattGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGaaaa > 2:77111/1‑140 (MQ=255) tttattGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTAC‑GGG‑GGCCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAAtt < 2:746549/140‑1 (MQ=255) tattGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCa < 1:556561/140‑1 (MQ=255) attGATTAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCaa < 2:85635/140‑1 (MQ=255) 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2:711469/1‑140 (MQ=255) aaTCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCa < 1:135877/132‑1 (MQ=255) aaTCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCa > 2:135877/1‑132 (MQ=255) aTCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGc < 2:3304/140‑1 (MQ=255) aTCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGc < 1:222349/140‑1 (MQ=255) aTCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGc < 2:711016/140‑1 (MQ=255) aTCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTAC‑GGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGCa > 1:1137298/1‑140 (MQ=255) tCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGCa > 2:86289/1‑140 (MQ=255) cGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGCAg > 2:57354/1‑140 (MQ=255) tAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGCAGGAg < 1:86289/140‑1 (MQ=255) tttAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGCAGGAGCT‑GCg < 1:116027/140‑1 (MQ=255) tttAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGCAGGAGCT‑GCg < 1:882220/140‑1 (MQ=255) 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1:289771/140‑1 (MQ=255) atTTTACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGCAGGAGCT‑GCGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAg < 1:902856/140‑1 (MQ=255) ttttACGGGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGACCGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGCAGGAGCT‑GCGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAgg < 1:893553/140‑1 (MQ=255) | TGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTAC‑GGG‑GG‑CCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAGCATGAAAATTCAATATATTGCAGGAGCT‑GCGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAGG > NC_000913/699252‑699521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |