Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,416,523 | A→G | T593A (ACC→GCC) | pta → | phosphate acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,416,523 | 0 | A | G | 98.0% | 173.2 / ‑4.6 | 51 | T593A (ACC→GCC) | pta | phosphate acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (28/22); total (28/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
AACAGGTTTACGTTTACGGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCACCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTACGACGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGA > NC_000913/2416386‑2416655 | aaCAGGTTTACGTTTACGGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGcc < 1:1173193/140‑1 (MQ=255) aCAGGTTTACGTTTACGGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTccgccg < 2:383854/140‑1 (MQ=255) cAGGTTTACGTTTACGGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCACCgg < 1:767653/140‑1 (MQ=255) aGGTTTACGTTTACGGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGt > 1:379345/1‑140 (MQ=255) tacgtttacgGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCgg < 2:984469/134‑1 (MQ=255) tacgtttacgGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCgg > 1:984469/1‑134 (MQ=255) tacgGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGc < 1:1165434/140‑1 (MQ=255) acgGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCa > 1:1027422/1‑140 (MQ=255) acgGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCa < 2:379345/140‑1 (MQ=255) tgCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGa > 1:1006259/1‑138 (MQ=255) tgCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGa < 2:1006259/138‑1 (MQ=255) tgCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACg > 1:935660/1‑140 (MQ=255) aTCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGa > 2:1215923/1‑140 (MQ=255) aCCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGaaaaa > 2:1115688/1‑140 (MQ=255) gATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTcg > 2:828355/1‑140 (MQ=255) cGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGaa < 1:1215923/140‑1 (MQ=255) aCCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGc > 2:902531/1‑140 (MQ=255) cGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCaa < 1:183302/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCaa < 2:1027422/140‑1 (MQ=255) cTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCAGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACt > 1:61549/1‑140 (MQ=255) tGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTc > 1:593589/1‑140 (MQ=255) aaCAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGt < 1:168383/140‑1 (MQ=255) aaCAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGt < 1:251627/140‑1 (MQ=255) cTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGgc > 1:787002/1‑140 (MQ=255) tGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGgcg < 2:349799/140‑1 (MQ=255) tGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGgcg < 1:902531/140‑1 (MQ=255) gCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCa > 1:216185/1‑140 (MQ=255) aGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAgg > 2:138776/1‑140 (MQ=255) aTCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGaaaa < 2:216185/140‑1 (MQ=255) aTCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCAGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGaaaa < 2:61549/140‑1 (MQ=255) tCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGaaaaa > 2:246850/1‑140 (MQ=255) tCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGCTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGaaaaa > 2:1203041/1‑140 (MQ=255) gATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTc < 1:828355/140‑1 (MQ=255) aGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTcctgac < 1:246850/140‑1 (MQ=255) tCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTcctgacct > 1:447881/1‑140 (MQ=255) tGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCtgatga > 2:603833/1‑140 (MQ=255) tGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCtgacga > 1:528583/1‑140 (MQ=255) cTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGt > 2:1203965/1‑140 (MQ=255) tGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTc < 1:603833/140‑1 (MQ=255) ggTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTa < 2:787002/140‑1 (MQ=255) tATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTc > 1:542777/1‑128 (MQ=255) tATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTc < 2:542777/128‑1 (MQ=255) aTCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTacga < 1:823925/140‑1 (MQ=255) aaCCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGc > 1:1190277/1‑126 (MQ=255) aaCCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGc < 2:1190277/126‑1 (MQ=255) cgcgTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTACGACGCTGCGGt > 1:208924/1‑140 (MQ=255) cgTTGCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTACGACGCTGCGGTaa > 2:1014615/1‑140 (MQ=255) gCTATGCTCTCCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGACGATCGACGGTCCGCTGCAGTACGACGCTGCGGTAATGGc < 2:528583/140‑1 (MQ=255) tcCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTACGACGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGc < 1:1203965/140‑1 (MQ=255) tcCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTACGACGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGc > 2:30108/1‑140 (MQ=255) tcCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTACGACGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGc > 1:618902/1‑140 (MQ=255) tcCTACTCCGCCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTACGACGCTGCGGTAATGGCTCACGTTGc > 1:77723/1‑140 (MQ=255) cTACTCCGCCGGTACTTCTGGCGCAGGCAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTACGACGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGa > 1:368514/1‑140 (MQ=255) | AACAGGTTTACGTTTACGGTGACTGTGCGATCAACCCGGATCCGACCGCTGAACAGCTGGCAGAAATCGCGATTCAGTCCGCTGATTCCGCTGCGGCCTTCGGTATCGAACCGCGCGTTGCTATGCTCTCCTACTCCACCGGTACTTCTGGTGCAGGTAGCGACGTAGAAAAAGTTCGCGAAGCAACTCGTCTGGCGCAGGAAAAACGTCCTGACCTGATGATCGACGGTCCGCTGCAGTACGACGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGA > NC_000913/2416386‑2416655 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |