| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,121,491 | T→G | intergenic (‑212/+143) | glcA ← / ← glcB | glycolate/lactate:H(+) symporter GlcA/malate synthase G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,121,491 | 0 | T | G | 98.7% | 267.2 / ‑4.3 | 75 | intergenic (‑212/+143) | glcA/glcB | glycolate/lactate:H(+) symporter GlcA/malate synthase G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (33/41); total (34/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGTTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATAAATGTACTACCGCAGTTACTATCATAGCCCCGACAATAAAACTTGCCGGGGCTTTTT > NC_000913/3121358‑3121625 | tataGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAgg < 2:679062/140‑1 (MQ=255)tataGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAgg < 2:39851/140‑1 (MQ=255)tataGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAgg < 1:947632/140‑1 (MQ=255)tataGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAgg < 1:95209/140‑1 (MQ=255) ataGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCG‑T‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGcc < 2:31654/140‑1 (MQ=255) taGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGcc < 2:94078/140‑1 (MQ=255) gCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGc > 2:1187374/1‑140 (MQ=255) gCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGc > 1:73297/1‑140 (MQ=255) gCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGc < 2:389619/140‑1 (MQ=255) taCTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTaa < 1:1187374/140‑1 (MQ=255) taCTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTaa < 1:935222/140‑1 (MQ=255) ttACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAgg < 1:988747/125‑1 (MQ=255) ttACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAgg > 2:988747/1‑125 (MQ=255) tACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATgcgc > 1:99738/1‑140 (MQ=255) tACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATgcgc < 2:302095/140‑1 (MQ=255) tACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATgcg < 2:99088/139‑1 (MQ=255) tACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATgcg > 1:99088/1‑139 (MQ=255) aGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTAc > 2:327971/1‑140 (MQ=255) aGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTAc > 2:1129109/1‑140 (MQ=255) aGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTAc < 1:1139982/140‑1 (MQ=255) aGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGAGCTAc > 2:1075335/1‑140 (MQ=255) gCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACg < 1:1075335/140‑1 (MQ=255) gCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACg > 1:370428/1‑140 (MQ=255) cAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACgg < 1:404035/140‑1 (MQ=255) cAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACgg > 1:1131445/1‑140 (MQ=255) cAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACgg < 2:15069/140‑1 (MQ=255) cAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACgg > 2:1207133/1‑140 (MQ=255) cAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACgg < 1:1207133/140‑1 (MQ=255) cAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACgg > 1:983087/1‑140 (MQ=255) cAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTT‑GGCCCGCTAGTAATGCGCTACggg > 2:463046/1‑140 (MQ=255) cAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTa > 1:453190/1‑140 (MQ=255) aGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTAt < 1:884207/140‑1 (MQ=255) gTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTAtt < 2:73297/140‑1 (MQ=255) tACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTaa < 1:108930/124‑1 (MQ=255) tACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTaa > 2:108930/1‑124 (MQ=255) ccgcTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAata < 2:46887/140‑1 (MQ=255) ccgcTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAata < 2:948217/140‑1 (MQ=255) cTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTg > 2:969691/1‑140 (MQ=255) gCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTaaa < 2:370428/140‑1 (MQ=255) ccTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAAt > 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cGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGAt < 1:1057603/140‑1 (MQ=255) cGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGAt < 2:453190/140‑1 (MQ=255) cGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGAt < 1:782854/140‑1 (MQ=255) cGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGAt < 2:401332/140‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATaa > 1:1049019/1‑140 (MQ=255) ggTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATaa < 2:1072156/140‑1 (MQ=255) tAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTT‑GGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATAAATg < 1:463046/140‑1 (MQ=255) aaGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATAAATg < 2:647258/140‑1 (MQ=255) ttCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATAAATGtactac < 2:113482/140‑1 (MQ=255) tCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATAAATGTACTAcc > 1:788178/1‑140 (MQ=255) gTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGGTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATAAATGTACTACCGCa < 2:1049019/140‑1 (MQ=255) 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tgttggTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATAAATGTACTACCGCAGTTACTATCATAGCCCCGACAATAAAACTTGCCGGGGCttttt > 1:724016/1‑140 (MQ=255) | TATAGGCGTTATACTTTACAGCAACAGTACGCCGCTAACGCAATTGCTACCTCTGGCATAACAAGTATATCGGGTAAGGGTTTCTGTTCCGCACACGCAGACGCAGAGTATCGTT‑AAGATGTCCATATTGTTGTTTTAGGCCCGCTAGTAATGCGCTACGGGTATTTAATATTGTTAAACCCTGATAATCGCTCCGGTTATTTCCGGGATAAATGTACTACCGCAGTTACTATCATAGCCCCGACAATAAAACTTGCCGGGGCTTTTT > NC_000913/3121358‑3121625 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |