| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,417,574 | T→C | S848P (TCA→CCA) | acrF → | multidrug efflux pump RND permease AcrF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,417,574 | 0 | T | C | 96.1% | 167.2 / ‑2.3 | 51 | S848P (TCA→CCA) | acrF | multidrug efflux pump RND permease AcrF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (23/26); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TTACCACTTCACATTGGGTGTATGGCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCT > NC_000913/3417440‑3417703 | ttACCACTTCACATTGGGTGTATGGCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCaaaa < 1:625743/140‑1 (MQ=255) aCCACTTCACATTGGGTGTATGGCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAAtt > 1:779602/1‑140 (MQ=255) aCTTCACATTGGGTGTATGGCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTAcc < 1:385625/140‑1 (MQ=255) ttCACATTGGGTGTATGGCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTg > 2:895158/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gggTGTATGGCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCAtt < 1:895158/140‑1 (MQ=255) ggtATGGCTTTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGt < 2:866018/139‑1 (MQ=255) tATGGCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCg < 2:1013316/129‑1 (MQ=255) tATGGCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCg > 1:1013316/1‑129 (MQ=255) aTGGCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTAt < 1:20559/140‑1 (MQ=255) gCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGAc > 2:784801/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTa < 1:126638/140‑1 (MQ=255) agaTTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAg > 2:969364/1‑140 (MQ=255) aTTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGc < 1:912359/140‑1 (MQ=255) cAGAGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTcc < 1:476962/140‑1 (MQ=255) gggAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGct > 1:654472/1‑140 (MQ=255) gggAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGG‑AAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGctc > 1:683821/1‑140 (MQ=255) ggAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGG‑AAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGctct < 2:683821/140‑1 (MQ=255) aaGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAAc < 1:448544/125‑1 (MQ=255) aaGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAAc > 2:448544/1‑125 (MQ=255) gCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGt < 2:15131/140‑1 (MQ=255) aaCCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCt < 1:990663/140‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTtg < 1:859994/140‑1 (MQ=255) ttCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTgg > 1:776059/1‑140 (MQ=255) ccATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCtg < 1:784801/140‑1 (MQ=255) aTGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCtgtg < 1:436152/140‑1 (MQ=255) aTGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCtgtg < 1:630805/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGcc < 2:1204751/140‑1 (MQ=255) ttGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTtgc > 2:21828/1‑140 (MQ=255) tGATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTtgct < 2:1096823/140‑1 (MQ=255) gATGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTtgctg > 2:156331/1‑140 (MQ=255) aTGGAAAACCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTtgctgc > 1:1159408/1‑140 (MQ=255) aaaCCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCActct > 2:926/1‑140 (MQ=255) aaaCCTTGCGCCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCActct > 1:154401/1‑140 (MQ=255) | TTACCACTTCACATTGGGTGTATGGCTCTCCGCGACTGGAACGCTACAACGGTCTGCCGTCAATGGAGATTCAGGGGGAAGCCGCGCCAGGAACCAGTTCCGGCGATGCCATGGCGTTGATGGAAAACCTTGCGTCAAAATTACCTGCGGGCATTGGTTATGACTGGACGGGTATGTCGTATCAGGAACGCTTATCGGGAAACCAGGCTCCCGCTCTGGTAGCAATTTCCTTTGTGGTTGTTTTCCTGTGCCTTGCTGCACTCT > NC_000913/3417440‑3417703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |