Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,497,997 | A→G | intergenic (+57/‑275) | intB → / → insC‑6 | KpLE2 phage‑like element; putative integrase/KpLE2 phage‑like element; IS2 insertion element repressor InsA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,497,997 | 0 | A | G | 98.7% | 268.5 / ‑4.8 | 77 | intergenic (+57/‑275) | intB/insC‑6 | KpLE2 phage‑like element; putative integrase/KpLE2 phage‑like element; IS2 insertion element repressor InsA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (33/43); total (33/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
CCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTGTACTCACAGGGTGATG > NC_000913/4497861‑4498133 | ccGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCaa > 1:12585/1‑140 (MQ=255) ccGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCaa < 2:1080683/140‑1 (MQ=255) ccGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCaa < 2:1031887/140‑1 (MQ=255) ccGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCaa < 1:953573/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGt < 1:919977/140‑1 (MQ=255) aTGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACt < 2:985945/140‑1 (MQ=255) aTGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACt < 1:906268/140‑1 (MQ=255) tGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTg > 1:552965/1‑140 (MQ=255) tGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTg > 1:369644/1‑140 (MQ=255) tAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGAt < 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2:1185186/1‑140 (MQ=255) aGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCa > 2:1209757/1‑140 (MQ=255) aGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCa < 2:952091/140‑1 (MQ=255) aTTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATGCCGGGCAAATGCCCGTGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGa < 1:326752/140‑1 (MQ=255) aTTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGa > 1:515672/1‑140 (MQ=255) aTTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGa > 1:1209764/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTa < 2:556273/137‑1 (MQ=255) aaaaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTa > 1:556273/1‑137 (MQ=255) aaaaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTc < 2:232748/140‑1 (MQ=255) aaaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCa < 1:105795/140‑1 (MQ=255) aaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTACAAAAGACAAACGGTATTCACTGATGTATGTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGAGTATCAGCATCCGCGGTTATTCat < 2:1134225/140‑1 (MQ=255) aaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCat < 1:75867/140‑1 (MQ=255) aaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCat < 1:803718/140‑1 (MQ=255) aaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCat < 2:456723/140‑1 (MQ=255) aaCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCat < 1:151950/140‑1 (MQ=255) aCAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCatt > 1:650807/1‑140 (MQ=255) aGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCattat > 1:909394/1‑140 (MQ=255) gTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCattatt < 2:798055/140‑1 (MQ=255) gTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCat > 2:1049697/1‑136 (MQ=255) gTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCat < 1:1049697/136‑1 (MQ=255) atcCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTtatata > 2:162087/1‑140 (MQ=255) cGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACAtt < 1:487694/140‑1 (MQ=255) gggCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGTATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCat < 1:877747/125‑1 (MQ=255) gggCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGTATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCat > 2:877747/1‑125 (MQ=255) 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(MQ=255) ggATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATaaaaaa > 1:1047955/1‑140 (MQ=255) ggATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATaaaaaa > 1:240095/1‑140 (MQ=255) attattTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATc < 1:1190466/140‑1 (MQ=255) ttattTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATcc < 2:340491/140‑1 (MQ=255) attTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTg < 2:369644/140‑1 (MQ=255) attTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTg < 2:552965/140‑1 (MQ=255) attTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTg > 2:115723/1‑140 (MQ=255) attTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTg < 2:1047955/140‑1 (MQ=255) attTTCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCA‑GGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTGt > 1:631739/1‑140 (MQ=255) ttttCTTTGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTGt < 2:1209764/140‑1 (MQ=255) ttGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTAATTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTg < 2:1064978/133‑1 (MQ=255) ttGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTAATTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTg > 1:1064978/1‑133 (MQ=255) tGTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTGTACTcaca > 1:999359/1‑140 (MQ=255) gTTAAAAAAGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTGTACTCACAg > 2:253452/1‑140 (MQ=255) aaGGCAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTGTACTCACAGGGTGATg < 1:1109236/140‑1 (MQ=255) | CCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTGTACTCACAGGGTGATG > NC_000913/4497861‑4498133 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |