| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,101,728 | (G)7→8 | coding (39/984 nt) | kdgT → | 2‑dehydro‑3‑deoxy‑D‑gluconate:H(+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,101,721 | 1 | . | G | 95.2% | 146.0 / 0.1 | 42 | coding (32/984 nt) | kdgT | 2‑dehydro‑3‑deoxy‑D‑gluconate:H(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (20/20); total (21/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ATCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGC > NC_000913/4101583‑4101844 | aTCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑g > 1:226929/1‑140 (MQ=255) aCTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATAGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑gggg < 1:98153/140‑1 (MQ=255) cTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑ggggg > 2:257125/1‑140 (MQ=255) cTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑ggggg < 2:508926/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTgg > 1:249772/1‑140 (MQ=255) tttCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGgcg > 2:463434/1‑140 (MQ=255) ttCCATCACCACTGATCCCCCATTGAGGATTTCCGCATCAGCCCTAAAAAATATGCCGAC‑GGGGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCa < 2:63045/140‑1 (MQ=255) ccATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAc < 1:493138/140‑1 (MQ=255) tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGTCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCacac > 1:156195/1‑140 (MQ=255) ccATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCg > 1:47176/1‑140 (MQ=255) ttGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCg > 2:425160/1‑140 (MQ=255) aGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCgggg > 1:201900/1‑140 (MQ=255) aTTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg > 1:525579/1‑140 (MQ=255) ttACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg > 2:206976/1‑140 (MQ=255) aCGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGa > 2:428527/1‑140 (MQ=255) cGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGaa < 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(MQ=255) gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATAtttt < 2:226929/140‑1 (MQ=255) cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGa < 2:525579/140‑1 (MQ=255) tGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCa < 2:147107/140‑1 (MQ=255) gCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCaa < 2:201900/140‑1 (MQ=255) cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGga < 1:248483/140‑1 (MQ=255) aGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGgat < 1:480511/140‑1 (MQ=255) ggAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTAcc < 1:425160/140‑1 (MQ=255) aTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTa < 2:261725/140‑1 (MQ=255) aTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTa < 2:47176/140‑1 (MQ=255) gCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACg < 1:463434/140‑1 (MQ=255) aGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGt > 1:355928/1‑140 (MQ=255) tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGcc < 1:138970/140‑1 (MQ=255) aaaaCGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTa > 2:105227/1‑132 (MQ=255) aaaaCGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTa < 1:105227/132‑1 (MQ=255) gCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCt > 2:344374/1‑140 (MQ=255) tCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTgg < 1:514189/140‑1 (MQ=255) tCGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTgg > 1:296211/1‑140 (MQ=255) cGATTGAGAAAATCCCGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCACCGGGTTGATTACCGGGACGGTTCCCATTCTGGc > 2:340209/1‑140 (MQ=255) | ATCACTTTTATTGATTAAATGAATGTCTATCTTCGTTTCCATCAACACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGC > NC_000913/4101583‑4101844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |