| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,130,113 | T→C | T6A (ACT→GCT) | flgM ← | anti‑sigma factor for FliA (sigma(28)) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,130,113 | 0 | T | C | 100.0% | 63.3 / NA | 19 | T6A (ACT→GCT) | flgM | anti‑sigma factor for FliA (sigma(28)) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (6/13); total (6/13) | |||||||||||
CATCAGTTTTGCTTGCGCGTCGCTTAACGTCACACTGGTGCTGGTGGAGGCGGTTGTTTTTGCCGCCCGGCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGTGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAACGCCGCTG > NC_000913/1129976‑1130249 | cATCAGTTTTGCTTGCGCGTCGCTTAACGTCACACTGGTGCTGGTGGAGGCGGTTGTTTTTTCCGCCCGGCTGTTCGTTTCCGGCGCGTCAGTGGGTTCGCGCGGGTGAACGGGGCTTTCAGGCTTTAGAGGGGAAgcgc > 2:400378/1‑140 (MQ=255) cttgcGCGTCGCTTAACGTCACACTGGTGCTGGTGGAGGCGGTTGTTTTTGCCGCCCGGCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTc < 2:147464/140‑1 (MQ=255) gcgTCGCTTAACGTCACACTGGTGCTGGTGGAGGCGGTTGTTTTTGCCGCCCGGCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGt < 1:285435/140‑1 (MQ=255) tggtgctggtgGAGGCGGTTGTTTTTGCCGCCCGGCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGgcg < 1:400378/140‑1 (MQ=255) gtgctggtgGAGGCGGTTGTTTTTGCCGCCCGGCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCt < 2:458505/140‑1 (MQ=255) aGGCGGTTGTTTTTGCCGCCCGGCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAggg > 1:346865/1‑126 (MQ=255) aGGCGGTTGTTTTTGCCGCCCGGCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAggg < 2:346865/126‑1 (MQ=255) ccGGCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCttattta > 1:208776/1‑133 (MQ=255) ccGGCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCttattta < 2:208776/133‑1 (MQ=255) gCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAggg < 1:334364/140‑1 (MQ=255) tCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACggg < 1:377326/140‑1 (MQ=255) cgcgTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTaa < 2:307266/140‑1 (MQ=255) ggTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACa < 1:388333/140‑1 (MQ=255) cgcgGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTtat > 1:258282/1‑140 (MQ=255) aCAGGCTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGc < 1:355820/140‑1 (MQ=255) cTTCAGAGGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATcaa > 1:53860/1‑140 (MQ=255) agGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAcgc < 1:506209/140‑1 (MQ=255) agGCGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAcgc > 1:419431/1‑140 (MQ=255) cGAAGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAcgccgc > 2:191122/1‑140 (MQ=255) aaGCGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAACGCCGCTg < 2:102848/140‑1 (MQ=255) | CATCAGTTTTGCTTGCGCGTCGCTTAACGTCACACTGGTGCTGGTGGAGGCGGTTGTTTTTGCCGCCCGGCTGTTCGTTACCGGCGCGTCAGTGGTTTCGCGCGGTTGAACGGTGCTTACAGGCTTCAGAGGCGAAGTGCGATCAATACTCATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAACGCCGCTG > NC_000913/1129976‑1130249 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |