Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,804,622 | T→C | pseudogene (1529/1900 nt) | arpB → | putative ankyrin repeat protein B, N‑terminal fragment |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,804,622 | 0 | T | C | 100.0% | 145.1 / NA | 40 | pseudogene (1529/1900 nt) | arpB | putative ankyrin repeat protein B, N‑terminal fragment |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (14/26); total (14/26) |
GAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAA > NC_000913/1804495‑1804752 | gAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGt > 2:445261/1‑140 (MQ=255) tCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCct > 2:412882/1‑129 (MQ=255) tCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCct < 1:412882/129‑1 (MQ=255) tCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTa > 1:118650/1‑140 (MQ=255) tAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGc > 2:530796/1‑140 (MQ=255) gCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCAt < 1:445261/140‑1 (MQ=255) gCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCAt < 2:118650/140‑1 (MQ=255) gCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCAt < 1:58700/140‑1 (MQ=255) caAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCAt < 1:365510/137‑1 (MQ=255) caAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCAt > 2:365510/1‑137 (MQ=255) caAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCg > 1:215398/1‑139 (MQ=255) caAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCg < 2:215398/139‑1 (MQ=255) caAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGc > 2:531580/1‑140 (MQ=255) cTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTaa > 1:408860/1‑140 (MQ=255) ttttAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTaaa < 2:140834/140‑1 (MQ=255) tttAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAAt < 1:530796/140‑1 (MQ=255) ttAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATa < 1:391104/140‑1 (MQ=255) tgatgaGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCt < 2:140462/140‑1 (MQ=255) tgatgaGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCt < 2:533033/140‑1 (MQ=255) tttAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATgg > 1:335820/1‑140 (MQ=255) tAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGAt < 1:58232/140‑1 (MQ=255) ccATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATtta > 1:53849/1‑140 (MQ=255) ccATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATtta > 2:81090/1‑140 (MQ=255) aTGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATttatt > 2:494514/1‑140 (MQ=255) tGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATttatta < 2:310556/140‑1 (MQ=255) aTACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAgg < 2:533253/140‑1 (MQ=255) aTACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAgg < 2:378135/140‑1 (MQ=255) aTACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAgg < 2:225525/140‑1 (MQ=255) aTACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAgg < 2:58312/140‑1 (MQ=255) tgatgGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTa < 1:531580/140‑1 (MQ=255) gatgGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTAc > 1:222911/1‑140 (MQ=255) ccAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAggg < 2:521796/140‑1 (MQ=255) aTTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAAccc < 2:94326/140‑1 (MQ=255) aTTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAAccc < 2:265514/140‑1 (MQ=255) aTTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAAccc < 1:308767/140‑1 (MQ=255) aTTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACAGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAAccc < 2:348835/140‑1 (MQ=255) cgcAATGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATtat > 2:373436/1‑140 (MQ=255) aaTGGAAAATAATCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACa < 2:335820/140‑1 (MQ=255) tCACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCa < 2:222911/140‑1 (MQ=255) cACCCTTTGCGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCaa < 1:494514/140‑1 (MQ=255) | GAATGCATTAACCACTCCAATAGCACAAGAGCTTTTAAACAAAAAACTGGTGATGAGTATTTTAGCCATGAAAATACATGATGGTGAGCCAGGATTATACGCCGCAATGGAAAATAATCACCCTTTGTGTGTCACACGGTTCCTCTCTAAAATTAATGGCATCGCCTTTAAATACAAGTTGAGCAAAGCTAACATCATGGATTTATTAAAAGGAGCTACAGCACAGGGAACCCCTGCATTATACATCGCCATGAGCAA > NC_000913/1804495‑1804752 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |