| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,024,266 | (A)6→5 | coding (299/624 nt) | rcsA → | DNA‑binding transcriptional activator RcsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,024,261 | 0 | A | . | 98.2% | 224.2 / ‑1.7 | 56 | coding (294/624 nt) | rcsA | DNA‑binding transcriptional activator RcsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (32/23); total (33/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
TTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAATC > NC_000913/2024122‑2024395 | ttattaATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGa < 2:195381/140‑1 (MQ=255) tGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAttt > 2:690284/1‑140 (MQ=255) aGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTAt > 2:577150/1‑140 (MQ=255) aGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTAt > 2:180789/1‑140 (MQ=255) cTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGAt < 1:832575/140‑1 (MQ=255) cTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGAt < 1:1121787/140‑1 (MQ=255) cTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGAt > 2:739219/1‑140 (MQ=255) tttCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGaa < 2:847025/125‑1 (MQ=255) tttCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGaa > 1:847025/1‑125 (MQ=255) tttCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAg > 2:603632/1‑140 (MQ=255) tCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGAt > 1:186693/1‑132 (MQ=255) tCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGAt < 2:186693/132‑1 (MQ=255) tCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTa > 1:660213/1‑140 (MQ=255) tCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTa > 2:408437/1‑140 (MQ=255) tGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGAt < 1:690284/140‑1 (MQ=255) gCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGAtt < 1:408437/140‑1 (MQ=255) cTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAAc < 2:660213/140‑1 (MQ=255) tCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtc > 2:990199/1‑140 (MQ=255) cAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTACCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtct > 1:586/1‑140 (MQ=255) aGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtctc > 2:1098767/1‑140 (MQ=255) aGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtctc > 1:483804/1‑140 (MQ=255) gCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtctct < 1:1098767/140‑1 (MQ=255) gCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtctct < 1:1200806/140‑1 (MQ=255) tCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTcgacg > 2:787516/1‑140 (MQ=255) tCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTcgacg < 1:577150/140‑1 (MQ=255) cAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTcgacga < 1:990199/140‑1 (MQ=255) aaGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGat > 2:1160294/1‑140 (MQ=255) tcatcaTTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATcc > 1:534786/1‑140 (MQ=255) catcatTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGat > 1:1259900/1‑135 (MQ=255) catcatTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGat < 2:1259900/135‑1 (MQ=255) aaCATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTc < 1:739219/140‑1 (MQ=255) cccAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGaaa > 2:1233795/1‑140 (MQ=255) cccAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGaaa > 2:951776/1‑140 (MQ=255) cccAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGaaa < 2:717635/140‑1 (MQ=255) cAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGaaaaa > 2:961414/1‑140 (MQ=255) cGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAgaga < 1:666115/140‑1 (MQ=255) tatttatCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACaa > 1:866245/1‑140 (MQ=255) tttatCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACg > 1:480766/1‑140 (MQ=255) atCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATa > 1:865115/1‑140 (MQ=255) cGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAAc > 1:709244/1‑140 (MQ=255) gTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAAcc > 2:94816/1‑140 (MQ=255) tttttATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCt < 1:237697/140‑1 (MQ=255) tttttATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCt < 1:94816/140‑1 (MQ=255) ttttATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTc > 2:115923/1‑140 (MQ=255) tGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAttat > 1:1172225/1‑140 (MQ=255) aTGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGa < 2:709244/140‑1 (MQ=255) tGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTaa > 1:355002/1‑130 (MQ=255) tGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTaa > 1:153775/1‑130 (MQ=255) tGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTaa < 2:153775/130‑1 (MQ=255) tGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTaa < 2:355002/130‑1 (MQ=255) tttGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCa < 2:534786/140‑1 (MQ=255) tgaATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGTCGACGTTATCATTGAg > 2:938907/1‑140 (MQ=255) tgaATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAg < 2:866245/140‑1 (MQ=255) cTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGccgaacc > 1:873262/1‑140 (MQ=255) tGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATATCCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAAt < 2:873262/140‑1 (MQ=255) ggTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCAtt > 1:39285/1‑125 (MQ=255) ggTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCAtt < 2:39285/125‑1 (MQ=255) ggTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAATc > 1:1069543/1‑140 (MQ=255) ggTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAATc > 2:417528/1‑140 (MQ=255) | TTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAATC > NC_000913/2024122‑2024395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |