| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,165,573 | (C)6→7 | intergenic (+52/‑95) | yegP → / → yegQ | DUF1508 domain‑containing protein YegP/putative peptidase YegQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,165,567 | 1 | . | C | 98.0% | 167.4 / ‑3.3 | 50 | intergenic (+46/‑101) | yegP/yegQ | DUF1508 domain‑containing protein YegP/putative peptidase YegQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (25/24); total (26/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
TGTACGCCACCGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑CCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGAACTCCTT > NC_000913/2165436‑2165688 | tGTACGCCACCGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑ccccccca < 1:75353/140‑3 (MQ=255) cGCCACCGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAgc > 1:203694/1‑140 (MQ=255) ccGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTAc > 2:534/1‑140 (MQ=255) cgcgCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACa > 2:65070/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) ccTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACt < 1:69840/140‑1 (MQ=255) cGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTcccc > 1:855381/1‑140 (MQ=255) aGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCg > 1:726145/1‑140 (MQ=255) gCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGc > 1:959531/1‑140 (MQ=255) gCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGCCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGc < 2:304726/140‑1 (MQ=255) ccAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCt < 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(MQ=255) aGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCt < 2:626993/140‑1 (MQ=255) tACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGtcatc > 2:472487/1‑140 (MQ=255) tACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCAGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGAc < 2:1001402/132‑1 (MQ=255) tACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCAGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGAc > 1:1001402/1‑132 (MQ=255) cGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAg < 1:534/140‑1 (MQ=255) tAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGaa < 2:88709/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAAtt > 2:84930/1‑139 (MQ=255) ccGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAAtt < 1:84930/139‑1 (MQ=255) ggCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGt > 1:525240/1‑140 (MQ=255) gCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACg > 1:973557/1‑127 (MQ=255) gCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACg < 2:973557/127‑1 (MQ=255) cGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGttt > 2:551917/1‑140 (MQ=255) gTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTa < 1:65070/140‑1 (MQ=255) ggTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAAc < 1:916808/140‑1 (MQ=255) tgttgGCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCgg < 2:553185/140‑1 (MQ=255) ggCGTCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGAACt < 1:551917/140‑1 (MQ=255) tCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGAACTCCtt > 2:449178/1‑140 (MQ=255) tCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGAACTCCtt > 1:737334/1‑140 (MQ=255) tCCGGCGCTTTACCAGAGCCCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGAACTCCtt > 1:1128613/1‑140 (MQ=255) | TGTACGCCACCGCGCAATCTCGTGAAACCGGAATTGCCTCCGTTAAAGCCAATGGCACAAGCCAGACGGTGAAAGACAATACGTAATTACGATGCCGGGCGTGGGTTGTTGGCGTCCGGCGCTTTACCAGAG‑CCCCCC‑ACAGCGCTACAATGCCCGCCCTTAAAGTGGGGGCACTCCCCTAACCGCTTCATCAGGTGAAGCGGATCTGACCTGTCATCAGAACGAGAGAATTATGTTTAAACCGGAACTCCTT > NC_000913/2165436‑2165688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |