| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 176,052 | G→A | G316S (GGT→AGT) | clcA → | chloride:H(+) antiporter ClcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 176,052 | 0 | G | A | 98.9% | 324.9 / ‑6.1 | 94 | G316S (GGT→AGT) | clcA | chloride:H(+) antiporter ClcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (52/41); minor base T (1/0); total (53/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTTTTGCCCCGATGC > NC_000913/175919‑176187 | aTGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGtttt < 2:1083049/139‑1 (MQ=255)aTGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGtttt > 1:1083049/1‑139 (MQ=255)aTGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTa > 1:591017/1‑140 (MQ=255)aTGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTa > 1:1125287/1‑140 (MQ=255)aTGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTa > 1:157518/1‑140 (MQ=255)aTGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTa > 2:499695/1‑140 (MQ=255) cTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGAt > 2:993622/1‑140 (MQ=255) cTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGAt > 2:267312/1‑140 (MQ=255) cTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTAGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGAt > 2:262156/1‑140 (MQ=255) gggATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTcc > 2:1024240/1‑140 (MQ=255) tGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGtttt > 1:459589/1‑125 (MQ=255) tGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGtttt < 2:459589/125‑1 (MQ=255) gCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTg < 1:1015288/130‑1 (MQ=255) gCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTg > 2:1015288/1‑130 (MQ=255) gCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCg < 1:499695/140‑1 (MQ=255) gCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCg > 2:1066416/1‑140 (MQ=255) 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tgtgCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCa > 1:400589/1‑140 (MQ=255) tgtgCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGATTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCa > 2:993295/1‑140 (MQ=255) gtgCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAg < 1:1024240/140‑1 (MQ=255) gtgCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAg < 1:284404/140‑1 (MQ=255) cACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCAt < 2:224538/140‑1 (MQ=255) gcggcAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGa > 1:394748/1‑140 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tAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTcgcg < 1:278286/140‑1 (MQ=255) aTGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTcgcgcg > 1:885324/1‑140 (MQ=255) tGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCgg < 2:157518/140‑1 (MQ=255) gggCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCggg < 2:872891/140‑1 (MQ=255) cGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCa > 1:1235476/1‑140 (MQ=255) gTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCAtt < 2:400589/140‑1 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tGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTa < 2:80000/140‑1 (MQ=255) tGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTa > 1:1016103/1‑140 (MQ=255) cGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTa > 1:1027262/1‑138 (MQ=255) cGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTa < 2:1027262/138‑1 (MQ=255) tGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCt < 2:884909/140‑1 (MQ=255) ggCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCtt > 1:1244852/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCTGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGgc > 2:1214944/1‑140 (MQ=255) tGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGgc > 1:1242411/1‑140 (MQ=255) tGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGgc > 1:383463/1‑140 (MQ=255) tGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGACTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGgc > 2:488837/1‑140 (MQ=255) ggTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGgcgcg < 1:533062/140‑1 (MQ=255) ggTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGgcgcg < 2:1242411/140‑1 (MQ=255) gTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGgcgcgc > 2:277387/1‑140 (MQ=255) tttGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGcc < 1:115132/140‑1 (MQ=255) tttGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGcc < 1:1066416/140‑1 (MQ=255) ttGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCg < 1:839797/140‑1 (MQ=255) aCCAGCAACGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTa > 2:668694/1‑140 (MQ=255) cGTCGGGCGGCAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTTTTGcc > 2:506651/1‑140 (MQ=255) ggcggcAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTTTTGCCCCGAt > 2:223491/1‑140 (MQ=255) ggcggcAGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTTTTGCCCCGAt > 2:893923/1‑140 (MQ=255) cggcagTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTTTTGCCCCGATGc > 2:69018/1‑140 (MQ=255) cggcagTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTTTTGCCCCGATGc > 2:1174411/1‑140 (MQ=255) | ATGGGTGCTGGGGATGCAGGATTTGCTGCACCGTGTGCACGGCGGCAATATTACCAAATGGGTGCTAATGGGCGGTGCGATTGGCGGTCTGTGTGGATTGCTGGGGTTTGTGGCACCAGCAACGTCGGGCGGCGGTTTTAACCTGATTCCTATCGCTACCGCGGGGAATTTCAGCATGGGAATGCTGGTGTTTATCTTCGTCGCGCGGGTCATTACCACCTTACTCTGCTTCTCTTCCGGCGCGCCGGGCGGTATTTTTGCCCCGATGC > NC_000913/175919‑176187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |