| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,602,017 | (C)7→6 | coding (200/2019 nt) | hyfB → | hydrogenase 4 component B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,602,011 | 0 | C | . | 98.8% | 345.2 / ‑2.4 | 82 | coding (194/2019 nt) | hyfB | hydrogenase 4 component B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (39/42); total (40/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
TGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGAGGGCAA > NC_000913/2601873‑2602143 | tGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGcc < 1:493444/140‑1 (MQ=255) gCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGTCAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGccc < 1:104053/139‑1 (MQ=255) gCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGccc > 2:104053/1‑139 (MQ=255) ttCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGcccccc > 1:454700/1‑140 (MQ=255) tCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGcccccct > 2:305459/1‑139 (MQ=255) gCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCttt > 2:1139949/1‑140 (MQ=255) ttttACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAAt > 1:348602/1‑140 (MQ=255) ttACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAAttt < 1:790725/140‑1 (MQ=255) aCTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGc < 1:305459/140‑1 (MQ=255) aCTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGc < 2:348602/140‑1 (MQ=255) gTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGAtt > 2:214893/1‑140 (MQ=255) cTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTa > 1:225626/1‑140 (MQ=255) gACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAAcc > 1:1135691/1‑140 (MQ=255) gACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGc > 1:1012839/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTa < 2:16836/132‑1 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTa > 1:16836/1‑132 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg > 1:552337/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg > 2:867694/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg > 2:1200765/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg > 2:769829/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg > 1:148045/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg > 2:409945/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg > 1:1255736/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg > 2:46011/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg < 2:737823/140‑1 (MQ=255) tGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGaa < 2:225626/140‑1 (MQ=255) tGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGaa < 1:526834/140‑1 (MQ=255) cTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg < 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1:511105/1‑128 (MQ=255) tttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGaa < 2:511105/128‑1 (MQ=255) tttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCctct > 1:1345169/1‑140 (MQ=255) tttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCctct > 1:915177/1‑140 (MQ=255) ttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCtctc < 2:818066/140‑1 (MQ=255) ttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCtctc < 1:93682/140‑1 (MQ=255) ttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCtctc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |