| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,012,563 | (G)6→7 | pseudogene (62/279 nt) | intG → | putative defective phage integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,012,557 | 1 | . | G | 94.1% | 235.0 / 6.4 | 68 | pseudogene (56/279 nt) | intG | putative defective phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base G (29/35); total (31/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
TCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAG > NC_000913/2012418‑2012689 | tCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCa < 2:433282/140‑1 (MQ=255)tCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCa > 2:38215/1‑140 (MQ=255) aaaaaTCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gg < 2:468706/140‑1 (MQ=255) aaaaaTCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gg > 2:259461/1‑140 (MQ=255) aaaaaTCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gg < 2:144805/140‑1 (MQ=255) aaaaaTCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gg < 2:1197279/140‑1 (MQ=255) gCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggtt < 1:965419/140‑4 (MQ=255) gCTCATATACATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggtt < 1:990632/140‑4 (MQ=255) cTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggtta > 1:1163354/1‑136 (MQ=255) cTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggtta > 2:1067039/1‑136 (MQ=255) tCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggttat < 2:941095/140‑6 (MQ=255) tCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggttat < 2:1163354/140‑6 (MQ=255) tCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggttat < 1:607420/140‑6 (MQ=255) tCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggttat < 1:519609/140‑6 (MQ=255) cATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGGCGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATc < 1:1107248/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cccGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGa > 2:772798/1‑140 (MQ=255) cccGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggttat > 2:136606/1‑123 (MQ=255) cccGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggttat < 1:136606/128‑6 (MQ=255) cccGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggtta > 1:1271390/1‑123 (MQ=255) cccGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggtta < 2:1271390/127‑5 (MQ=255) cccGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑gggggggtt < 2:512408/126‑4 (MQ=255) 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aaaaCATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGa > 2:1327747/1‑125 (MQ=255) aaaaCATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGaa > 1:728310/1‑140 (MQ=255) aaaaCATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGaa > 2:370702/1‑140 (MQ=255) aaaaCATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGaa < 2:541643/140‑1 (MQ=255) aaaCATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGaaa < 1:233018/140‑1 (MQ=255) aaaCATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGaaa < 1:503035/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCAttt > 2:479300/1‑140 (MQ=255) cAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCAtttt < 2:184423/140‑1 (MQ=255) gagGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTaa < 2:847827/140‑1 (MQ=255) aCTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAGGGGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAg > 1:1356395/1‑140 (MQ=255) aCTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGa > 1:626086/1‑140 (MQ=255) aCTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGa > 2:350311/1‑140 (MQ=255) tGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATtg > 1:597998/1‑140 (MQ=255) cGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATtgag > 1:172256/1‑140 (MQ=255) cGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATtgag > 2:177534/1‑140 (MQ=255) gTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATtgagt > 1:470339/1‑140 (MQ=255) tCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATtgagtga > 1:492045/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) caTCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCccatccat > 1:1119941/1‑140 (MQ=255) aTCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGccc < 2:600897/132‑1 (MQ=255) aTCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGccc > 1:600897/1‑132 (MQ=255) cGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGccc < 2:597998/140‑1 (MQ=255) gACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGcccc > 1:383167/1‑140 (MQ=255) gACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCa > 1:1217989/1‑140 (MQ=255) aCGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCa < 2:191629/140‑1 (MQ=255) cGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCAc < 2:1119941/140‑1 (MQ=255) ggtgATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCAcgcg < 1:1067039/140‑1 (MQ=255) ggtgATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCAcgcg > 2:1301722/1‑140 (MQ=255) tgATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGt < 1:733294/140‑1 (MQ=255) tgATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGt < 2:1121614/140‑1 (MQ=255) gATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTg < 2:447141/140‑1 (MQ=255) tgtCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGAt < 2:172256/140‑1 (MQ=255) tgtCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGAt > 1:1245633/1‑140 (MQ=255) tgtCAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGAt > 2:1169409/1‑140 (MQ=255) cAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCgg < 2:626086/140‑1 (MQ=255) cAAATGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCgg < 2:728310/140‑1 (MQ=255) aaTGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCgg > 1:1198243/1‑138 (MQ=255) aaTGAGACGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCgg < 2:1198243/138‑1 (MQ=255) aaTGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATg < 2:492045/140‑1 (MQ=255) tGAGACGCTCTGATGTTCAGGGGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATg < 2:1356395/140‑1 (MQ=255) gaCGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTaa > 1:655632/1‑139 (MQ=255) gaCGCTCTGATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTaa < 2:655632/139‑1 (MQ=255) gATGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAacaaca < 2:470339/140‑1 (MQ=255) gATGTTCA‑‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAg < 1:753722/140‑1 (MQ=255) aTGTTCAG‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAg > 2:731788/1‑140 (MQ=255) | TCAAAAATCGCTCATATCCATCGCCCGGAATATGAATAAAAACATCAACAAAGATTAAATTATCCAGAGGTTACTGTTGCGTCTGTGGTCGTAACAACATCCGACGTGGTGATGTGTCAAATGAGACGCTCTGATGTTCA‑‑GGGGGGTTATCGCGTATACGGATCGTGGATGGCAGAAAACGTTCAGGATCAGGTATCCATTTTAAACCAGAAATTGAGTGAGTTTGCCCCATCCATGCCCCACGCGGTGAGATCGGATGTAATTAACAACAG > NC_000913/2012418‑2012689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |