Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,111,747 | 0 | G | T | 29.7% | 90.1 / 15.0 | 37 | N156K (AAC→AAA) | yiiQ | DUF1454 domain‑containing protein YiiQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/1); new base T (0/11); total (25/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111608‑4111885 | ctttTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACgtttg > 1:453254/1‑140 (MQ=255) tGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGttttt > 1:252413/1‑140 (MQ=255) tttttATTCAACCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGTTTAATCGGTACAACAGCGAAGGCCACCCCCTTTC‑CGCC‑GTTGCCCGCGAAAACATACCGCAGTCCACCTTCTGTCTGGGTG‑TAATATC‑TTTTTTTTTcccc < 2:817834/138‑1 (MQ=255) ttttATTCAACCCTCAAAGCGATTAAGATAGCCCCAGTTAAATCGTTCCAACAGCAAAGGCCACCCCTTTTC‑CGCC‑GTTGCCCGCAAAAACATAACGCGGTGCCCCTTCTGTCTCGGTG‑TAAAAACTTTTTTTTTCcccc < 2:880080/139‑1 (MQ=255) ttttATTAAACCCTGCAAGCGATCAAGATACCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGCCACCCCCTTTT‑CCCG‑TTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTTTCCGGGTG‑TAATATTGTTTTTTTTTcccc < 2:1262716/139‑1 (MQ=255) ttattaAAACCTAAAGGCAATTCAGACAGCGCCAGCTTAATCGATACAACAGCGAAGCTCACCCCCTTTC‑CGCC‑GTTGCCCGCAACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTGGGTG‑AAATTCCTTTTTTTTTCCCccgc < 2:578174/140‑1 (MQ=255) aCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTtagta > 1:1337190/1‑140 (MQ=255) cAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGAc > 1:746080/1‑140 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 2:110387/1‑140 (MQ=255) ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 1:1292454/1‑140 (MQ=255) aTAGCCCCAGTTTAATCGTTTAAACAGCGAAGGTCACCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGCCCGCAACAACATACCGCAGTCCCCTTTCTGTCTCGGTA‑TAATACTGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTc < 2:360900/140‑1 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 1:360900/1‑140 (MQ=255) gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCt > 2:913732/1‑140 (MQ=255) cattttAATGGTTCCAACAGCGAGGCTC‑GCCCCTTTTCCGCT‑GTTGCCCGCAAAAACATACCGCAGTGCCCTTTCTGTCTGGGTG‑TAATAATTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCttt < 2:1292454/136‑1 (MQ=255) gttcaaaCAGCG‑AGGTCTCCCCCTTTTCCGCG‑GTTGTCGGCAAAAAAATACCGCAGTCCCCTTTCTGTCTGGGTG‑TAATAATTTTTTTTTTCCCCCTCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:1214946/135‑1 (MQ=255) gttaaaaCAGCGAGGCTCCCCCCTTTTT‑CCCT‑TTTGCCCGCAACAAAAAACCGCGTTCCCCCTTTTGTCTGGGTT‑TAATTTTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGt < 2:669738/135‑1 (MQ=255) ttCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCa > 1:841207/1‑140 (MQ=255) ttCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCa > 1:427911/1‑140 (MQ=255) aaGGTCCCCCCTTTTT‑CGCT‑GTTGCCCGCGAAAAAATACCGCGGTCCCCCTTCTGTCTGGGTG‑TAATACCTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:427911/140‑1 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt > 2:1306790/1‑140 (MQ=255) aaGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt > 1:389425/1‑140 (MQ=255) aaGGTCACCCCTTTTT‑CCCC‑GTTGCCCGCGAAAACAAACGGCAGTGCCCCTTTTGTCGTGGTA‑AAATAATGTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGt < 2:128324/140‑1 (MQ=255) aaGGGCCGCCCCTTTC‑GCCCGGTTGTCCACAAAAACATAAGGGCGTCCCCTTTTTGTCGGGTTG‑TAATAGCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgggg < 2:1337190/140‑1 (MQ=255) ggTCACCCCTTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGAAAACATAACGCAGTGCCCTTTCTGTCTGGGTG‑TATTAACTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGa < 2:883714/140‑1 (MQ=255) aGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTgctgtc > 1:263600/1‑135 (MQ=255) aGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAgtgt > 1:1004229/1‑140 (MQ=255) ccccTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGc > 2:1293101/1‑140 (MQ=255) t‑CGCC‑GTTGCCCGCAACAAAATACCGCAGTGCCCCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCAc < 1:110387/140‑1 (MQ=255) gCC‑GTTGCCCGCAACAAAATAACGCGGTCCCCTTTCTGTCTGGGTG‑TAATACTTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 2:1287874/140‑1 (MQ=255) ccc‑GTTGCCCGCAACAACATAACGCAGTGCCCCTTCTGTCTGGGTG‑TAATACCTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCg < 1:1111208/139‑1 (MQ=255) tgcccGCGACAACATAACGCAGTCCCCCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGcc < 1:259031/137‑1 (MQ=255) tgcccGCAAAAACATAACGCGGTGCCCTTTCTGTCTGGTTT‑AAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGcc < 2:1056697/137‑1 (MQ=255) ccGCGCAAACATAACCCAGTCCACTTTCTG‑CCGGGTGTTAATAACTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATg < 1:1278891/140‑1 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 2:522291/1‑140 (MQ=255) tGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgctt > 1:618697/1‑140 (MQ=255) gCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgcttt > 2:957500/1‑140 (MQ=255) gCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAgctttcgcttt > 2:63775/1‑140 (MQ=255) cctttttGTCTGGGTG‑AAATAATTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGctttcgctttcg < 2:1324221/134‑1 (MQ=255) gTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttt > 2:324192/1‑140 (MQ=255) gTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttt > 1:1324221/1‑140 (MQ=255) ctcGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttttt > 2:1066176/1‑140 (MQ=255) ctcGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCttttt > 1:48600/1‑140 (MQ=255) ggTG‑TAATATTTTTTTTTTTCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct < 2:841207/140‑1 (MQ=255) ggTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGct > 2:499055/1‑140 (MQ=255) tg‑tAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctct > 1:694988/1‑140 (MQ=255) ataaCTTTTTTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGcc < 1:320554/140‑1 (MQ=255) ttttttttttTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg < 2:389425/138‑1 (MQ=255) ttttttttttCCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg < 2:48600/138‑1 (MQ=255) tgtttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg < 1:1293101/139‑1 (MQ=255) cGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg > 1:693098/1‑140 (MQ=255) cGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTg < 1:499055/140‑1 (MQ=255) tttttttttTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTgg < 2:138252/139‑1 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctc > 2:77968/1‑129 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGctc < 1:77968/129‑1 (MQ=255) tttgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGa > 1:942590/1‑140 (MQ=255) tgtttTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATg > 2:400018/1‑140 (MQ=255) | CTTTTTGTCATTTATTCAAACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTT‑CGCC‑GTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTG‑TAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGATCACCGCTGCCATGTATTCCTGAGCTTTCGCTTTCGCGGCTTTTTGCTCTGGCCCCTGGATG > NC_000913/4111608‑4111885 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |