Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,939,781 | T→C | T278A (ACC→GCC) | hsrA ← | putative transporter HsrA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,939,781 | 0 | T | C | 99.1% | 405.1 / ‑3.6 | 111 | T278A (ACC→GCC) | hsrA | putative transporter HsrA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (53/57); minor base G (0/1); total (53/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.79e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GTAAGACTTGGGTAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGTCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGTGAC > NC_000913/3939646‑3939916 | gTAAGACTTGGGCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCcccc > 2:154648/1‑140 (MQ=255) aGACTTGGGCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGa < 2:1245999/140‑1 (MQ=255) aGACTTGGGCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGa < 1:613659/140‑1 (MQ=255) gACTTGGGCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGAc > 1:330886/1‑140 (MQ=255) aCTTGGGCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGGCCCCAGACg < 2:929742/140‑1 (MQ=255) aCTTGGGCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACg < 1:681450/140‑1 (MQ=255) ttGGGCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACggg > 2:341091/1‑140 (MQ=255) ttGGGCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACggg > 2:1177067/1‑140 (MQ=255) ttGGGCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACggg > 2:140115/1‑140 (MQ=255) gggcaaCCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGa > 2:258853/5‑134 (MQ=255) gggcaaCCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGtt > 1:580431/5‑140 (MQ=255) gggcaaCCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGtt > 2:935018/5‑140 (MQ=255) gggCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGa < 1:258853/134‑1 (MQ=255) gggCAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGtt < 1:154648/140‑1 (MQ=255) ggcaaCCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGGCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTg < 1:907675/137‑1 (MQ=255) ggcaaCCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTg < 1:1050142/137‑1 (MQ=255) caaCCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCa < 1:18173/139‑1 (MQ=255) aaCCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCaa < 1:446841/140‑1 (MQ=255) ccATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAata > 1:13330/1‑140 (MQ=255) ccATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAata < 2:330886/140‑1 (MQ=255) aTCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATAtt < 2:863080/140‑1 (MQ=255) aTCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATAtt < 2:617178/140‑1 (MQ=255) 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< 2:1227582/140‑1 (MQ=255) cAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAAtt > 1:1205252/1‑140 (MQ=255) cAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAAtt > 1:271633/1‑140 (MQ=255) aTAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTaa < 2:138436/140‑1 (MQ=255) cGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGt < 2:542041/140‑1 (MQ=255) cTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTg > 1:786759/1‑140 (MQ=255) cTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTg > 1:853089/1‑140 (MQ=255) tAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGgcgt < 1:554307/140‑1 (MQ=255) aCCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCTCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGgcgtgc < 2:1188832/140‑1 (MQ=255) aaTCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGcgtcg > 1:153381/1‑140 (MQ=255) aTCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCTATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGcgtcgt < 2:175514/140‑1 (MQ=255) ccTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGc < 2:153381/140‑1 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cATAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCa > 1:42351/1‑140 (MQ=255) aTAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAg < 2:554382/140‑1 (MQ=255) tAAGGAACGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGAGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGt > 1:1099349/1‑140 (MQ=255) aCGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCg > 1:1112447/1‑140 (MQ=255) cGGTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGa > 2:1088366/1‑140 (MQ=255) ggTACACAGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGAt > 1:916705/1‑140 (MQ=255) caGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGt > 1:419662/1‑140 (MQ=255) caGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGt < 1:24214/140‑1 (MQ=255) aGCCGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGTg > 1:639066/1‑140 (MQ=255) ccGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAg < 1:386961/122‑1 (MQ=255) ccGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAg > 2:386961/1‑122 (MQ=255) ccGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTg < 2:1071993/135‑1 (MQ=255) ccGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTg > 1:1071993/1‑135 (MQ=255) ccGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGt < 1:814944/137‑1 (MQ=255) ccGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGt > 2:814944/1‑137 (MQ=255) ccGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGTGAc > 1:144116/1‑140 (MQ=255) ccGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGTGAc > 1:1309334/1‑140 (MQ=255) ccGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGTGAc > 1:67903/1‑140 (MQ=255) ccGGCCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGCGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGTGAc > 2:1227767/1‑140 (MQ=255) | GTAAGACTTGGGTAACCATCGATTTTGCAATAATGGAACCTAACGCTGTCGGTGCCATCATACAGCCAGCAATAAACGCCTGATAACCAAATCCTACCTGTAACATCAATGGCATAAGGAACGGTACACAGCCGGTCCCCAGACGGGTTGCAATATTGCCTACGATACCGATCGAGAAAGTGCGGGTTTTAAATAAATCTAATGAAATTAATGGGTTTGGCGTGCGTCGTGCATGGAGAATATAGAGAAGCAGTAACCCGATGCTGGTGAC > NC_000913/3939646‑3939916 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |