| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,942,901 | (T)8→7 | intergenic (+1/+17) | gcvB → / ← ygdI | small regulatory RNA GcvB/DUF903 domain‑containing lipoprotein YgdI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,942,894 | 0 | T | . | 97.1% | 422.7 / 6.6 | 105 | noncoding (199/205 nt) | gcvB | small regulatory RNA GcvB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base . (55/47); total (57/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑TTTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTGGTTT > NC_000913/2942762‑2943028 | gtgATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑ttttttta > 2:992362/1‑139 (MQ=255) ttgtgttgttgtgttTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGCTTTTTTTTTACCtt > 2:819218/1‑140 (MQ=255) gtgttgttgtgttTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGa < 1:688911/140‑1 (MQ=255) ttgtgttTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGa > 1:1023018/1‑140 (MQ=255) ttgtgttTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGa < 1:405780/140‑1 (MQ=255) gttTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTa < 1:794519/140‑1 (MQ=255) tttGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTAc > 2:244279/1‑140 (MQ=255) tttGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTAc > 1:269997/1‑140 (MQ=255) tttGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTAc > 1:70524/1‑140 (MQ=255) tttGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGAGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTAc > 1:152271/1‑140 (MQ=255) tGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTg > 2:156862/1‑140 (MQ=255) cAATTGGTCTGCGATTCAGACTATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGAt < 2:1034740/140‑1 (MQ=255) aaTTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGa < 2:631225/124‑1 (MQ=255) aaTTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGa > 1:631225/1‑124 (MQ=255) tGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAg > 2:378690/1‑140 (MQ=255) cGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGCTTTTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGa < 1:819218/140‑1 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aaTGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTa < 2:815879/140‑1 (MQ=255) aGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCg < 2:148108/132‑1 (MQ=255) aGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCg < 2:485308/132‑1 (MQ=255) aGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCg > 1:148108/1‑132 (MQ=255) aGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCg > 1:485308/1‑132 (MQ=255) cACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt < 2:874590/140‑1 (MQ=255) cACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt > 1:399950/1‑140 (MQ=255) cACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt < 1:433266/140‑1 (MQ=255) cACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt > 2:433266/1‑140 (MQ=255) gCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGt < 2:751171/140‑1 (MQ=255) ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTa > 2:545436/1‑134 (MQ=255) ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTa < 1:545436/134‑1 (MQ=255) ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt < 2:238140/135‑1 (MQ=255) ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt > 1:238140/1‑135 (MQ=255) ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTc > 2:392867/1‑140 (MQ=255) ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTc > 2:20504/1‑140 (MQ=255) aTTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCtgtg > 2:505874/1‑140 (MQ=255) ttGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTgg > 1:535430/1‑140 (MQ=255) cGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTGGttt < 1:244279/140‑1 (MQ=255) cGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTGGttt < 1:6348/140‑1 (MQ=255) | GTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑TTTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTGGTTT > NC_000913/2942762‑2943028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |