| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 265,689 | C→T | G133G (GGG→GGA) | ykfB ← | CP4‑6 prophage; protein YkfB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 265,689 | 0 | C | T | 95.9% | 315.5 / 1.0 | 98 | G133G (GGG→GGA) | ykfB | CP4‑6 prophage; protein YkfB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base T (50/44); total (52/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CCTGATAAAAGAAAACCCCGGCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTCCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATCCATCACT > NC_000913/265553‑265824 | ccTGATAAAAGAAAACCCCGGCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCt < 2:291803/140‑1 (MQ=255) cTGATAAAAGAAAACCCCGGCCGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTg > 1:1048093/1‑140 (MQ=255) aaaaCCCCGGCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTc > 2:439265/1‑140 (MQ=255) aaaaCCCCGGCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTc > 2:534136/1‑140 (MQ=255) aaaCCCCGGCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCa < 2:10247/140‑1 (MQ=255) aaaCCCCGGCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCa < 2:149818/140‑1 (MQ=255) aaaCCCCGGCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCa < 2:20381/140‑1 (MQ=255) aCCCCGGCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCAtt > 2:819014/1‑140 (MQ=255) aCCCCGGCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCAtt < 1:439265/140‑1 (MQ=255) ggCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGt < 1:989681/140‑1 (MQ=255) tAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGaa > 2:110039/1‑140 (MQ=255) gTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGcc < 1:819014/140‑1 (MQ=255) gTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGcc < 1:534136/140‑1 (MQ=255) cGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCg < 2:70760/140‑1 (MQ=255) gggTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGc < 1:317114/140‑1 (MQ=255) gggTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGc > 2:790080/1‑140 (MQ=255) tttGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCagag > 2:426848/1‑140 (MQ=255) ttGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAgaga < 2:316379/140‑1 (MQ=255) ttGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAgaga < 2:806414/140‑1 (MQ=255) cTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGatat > 2:172037/1‑140 (MQ=255) ggggAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGCGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTg < 2:1048093/140‑1 (MQ=255) ggAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCt > 2:731964/1‑140 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1:752384/1‑140 (MQ=255) tgctgcAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTa > 2:124565/1‑140 (MQ=255) ctgcAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACCTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCACAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATc < 2:1006823/140‑1 (MQ=255) tcCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTAc > 1:890890/1‑140 (MQ=255) tcCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTAc > 1:1010905/1‑140 (MQ=255) tcCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTAc > 2:524088/1‑140 (MQ=255) tcCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTAc > 1:850953/1‑140 (MQ=255) tcCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCCCCGTTAc > 1:176060/1‑140 (MQ=255) cGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGc < 2:774144/140‑1 (MQ=255) cGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGc > 2:517526/1‑140 (MQ=255) cGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGc < 1:524088/140‑1 (MQ=255) gagaGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGcc > 2:592301/1‑140 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(MQ=255) ttcttcCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTa < 2:139436/140‑1 (MQ=255) tcttcCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTAc < 2:537207/140‑1 (MQ=255) tcCGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTActgc < 1:582788/140‑1 (MQ=255) cGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTActgctg < 1:541068/140‑1 (MQ=255) cGGTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATC‑CCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTgg < 1:964037/140‑1 (MQ=255) ggTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTgg < 1:110039/140‑1 (MQ=255) ggTCCGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTgg < 1:891808/140‑1 (MQ=255) ccGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGa < 1:172037/140‑1 (MQ=255) cGCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGAt > 1:794331/1‑140 (MQ=255) gCAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATc < 2:850953/140‑1 (MQ=255) cAGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATcc > 1:1129772/1‑140 (MQ=255) aGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATCCa > 2:766782/1‑140 (MQ=255) aGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATCCa < 2:890890/140‑1 (MQ=255) aGTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCCCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATCCa < 2:176060/140‑1 (MQ=255) gTGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATCCAt < 2:1103742/140‑1 (MQ=255) tGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATc > 1:627487/1‑136 (MQ=255) tGAAGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATc < 2:627487/136‑1 (MQ=255) aGGTTCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATCCATCACt < 1:790080/140‑1 (MQ=255) | CCTGATAAAAGAAAACCCCGGCAGCCTGCTAGCTGTCGGGGTGAATTTGCTGGGGAAGATACTACTATCAGTCGTTGCTGCAGTCTCCGAGAGTGGACAGAACTTTCTCAGCGTTCTTCCGGTCCGCAGTGAAGGTCCCTGCTTTGTGGTCATTGACGTAGACGTCGAACTGCCCGGCCTCAGAGATATTGCTGATGAAGTCAAACCAGGCGTTATCGCCGTTACGCCAGCCCAGGCTGGACGGAATAATGTACTGCTGGTGATCCATCACT > NC_000913/265553‑265824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |