Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 332,991 | 0 | G | T | 28.3% | 131.7 / 23.6 | 53 | L207F (TTG→TTT) | pdeL | DNA‑binding transcriptional activator/c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/31); new base T (15/0); total (22/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTC > NC_000913/332852‑333127 | ctctGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTg < 1:910562/140‑1 (MQ=255) tGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTgcca < 1:807976/140‑4 (MQ=255) tGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCa > 1:851902/1‑140 (MQ=255) tGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCa > 1:535944/1‑140 (MQ=255) ggCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAg < 1:204764/140‑1 (MQ=255) gTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGCAGCggggt > 2:563996/1‑138 (MQ=255) tCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGAtt > 1:950677/1‑140 (MQ=255) ccGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGaa > 1:758226/1‑140 (MQ=255) tCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGCCTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGGGGTTTTTTGTGGCGGGGTTTGaaaaaa > 2:219868/1‑139 (MQ=255) cTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAaga < 1:858567/140‑1 (MQ=255) cTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAaga < 2:306889/140‑1 (MQ=255) cTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAaga < 2:327520/140‑1 (MQ=255) ttATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGATTTGAAAAaga > 2:563679/1‑139 (MQ=255) ttATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAaga < 1:563679/139‑1 (MQ=255) tGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTc < 2:950677/140‑1 (MQ=255) aTAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTTAAAAAAAGGGGCTGaa > 2:841584/1‑140 (MQ=255) aTAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTGGCAGCGGGGTTTGAAAAAGAGGGTCTGaa > 1:579480/1‑140 (MQ=255) tAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAAc < 1:738812/140‑1 (MQ=255) cccGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGtt < 1:563996/140‑1 (MQ=255) ccGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTTGAAAAGAGGGTCTGAACCTgggtt > 2:466826/1‑137 (MQ=255) ccGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTc > 2:818017/1‑128 (MQ=255) ccGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTc < 1:818017/128‑1 (MQ=255) ccGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTta > 2:23305/1‑140 (MQ=255) ccGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTta < 2:758226/140‑1 (MQ=255) ccGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAAAGAGTCTGAACCTGGGta > 2:370945/1‑140 (MQ=255) gCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTc < 2:56709/126‑1 (MQ=255) gCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTc > 1:56709/1‑126 (MQ=255) gCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTtaat < 1:370945/140‑1 (MQ=255) tgaAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTGGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGt < 1:219868/140‑1 (MQ=255) aaCAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTGAAAAAGAGGGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTaaa > 2:873426/1‑139 (MQ=255) cGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGGGTCTGAACCTGGGTTATAAATTAGGGAACGATAAAATc > 1:669943/1‑140 (MQ=255) ttCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTGAAAAAAAGGGTCTGAACCTGGGTAATAAATTAGGTAAAGATAAAATCAAGCTg > 2:868620/1‑140 (MQ=255) cTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTGAAAAAAAGGGTCTGAACCTGGTTAATAAAATAGGTAACGATAAAAACAAACTGGt > 2:762016/1‑140 (MQ=255) aTGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTtct > 1:690645/1‑140 (MQ=255) tGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTtctc > 2:381771/1‑140 (MQ=255) aaCATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACg < 1:241995/140‑1 (MQ=255) aCATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACgg < 1:762016/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACg < 1:868620/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACg < 1:845907/140‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACg < 1:23305/140‑1 (MQ=255) tgctgcCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTTAAAAAGAGGGTCTGAAACTTGGTAATAAATTATGTAAAGATAAAATAAAACTGGTTCTCTAGCTAACGGAACGt > 2:679727/1‑140 (MQ=255) tgctgcCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTGAAAAAAAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGGAACGATAAAATCAAACTGGGTCTCGAGCTAACGGAACGt > 2:241995/1‑140 (MQ=255) gctgcCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGGGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTa > 1:387384/1‑140 (MQ=255) gcCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAAcc < 2:535944/140‑1 (MQ=255) ccGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTTAAAAAAAGGGTCTGAACCTGGTTTATAAATTAGGTAAAGATAAAATTAAAATGGGTTTCGGGCTAAAGGAAAGTAAacc > 2:981520/1‑140 (MQ=255) aCAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTAtt < 2:343317/140‑1 (MQ=255) tCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAAACTGGTTAATAAATTAGGGAAAGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTa > 1:697294/1‑140 (MQ=255) ccATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTaa < 1:466826/140‑1 (MQ=255) ttGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTGAAAAAGAGGGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAAAGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAAACCTATTCCGGTAACGCCa > 2:847972/1‑140 (MQ=255) aTCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGc < 2:669943/140‑1 (MQ=255) aTCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGc < 1:981520/140‑1 (MQ=255) aTCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGc < 1:789914/140‑1 (MQ=255) aTCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGc < 1:679727/140‑1 (MQ=255) aCGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGGATTTAAAAAAAGGGGTTGAACCCGGTTAATAAAATAGGGAAAGATAAAAAAAAACTGGTTTTCGAGCCAAAGGAAAGTAAACCTATTTCCGGAACGCCAGAAAGCaga > 2:248589/1‑140 (MQ=255) cGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCagag < 2:851902/140‑1 (MQ=255) ctcGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTTAAAAAAAGGGTCTGAACCCGGTTTATAAATTAGGGAACGATAAAAACAAACTGGTTCTCGAGCTAACGGGACGAAAACCTATTTCCGTAAAGCCAAAAGCCAGAGCGa > 2:726344/1‑140 (MQ=255) ctcGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTTAAAAAAAGGGTCTGAAACTGGTTAATAAAATAAGGAACAATAAAAAAAAACTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAAACCTATTCCCGTAACGCCAAAAACCagagggg > 2:490093/1‑137 (MQ=255) ggTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGa < 1:841584/140‑1 (MQ=255) ggTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGa < 2:875072/140‑1 (MQ=255) ttttttGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGcc < 1:161701/140‑1 (MQ=255) tttGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTtc < 1:557082/140‑1 (MQ=255) tGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGa > 2:14634/1‑130 (MQ=255) tGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGa < 1:14634/130‑1 (MQ=255) | CTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTC > NC_000913/332852‑333127 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |