Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,183,190 | C→T | A214V (GCG→GTG) | zupT → | heavy metal divalent cation transporter ZupT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,183,190 | 0 | C | T | 96.3% | 85.4 / NA | 27 | A214V (GCG→GTG) | zupT | heavy metal divalent cation transporter ZupT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (1/25); minor base G (1/0); total (2/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGCGATTCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGG > NC_000913/3183055‑3183313 | ccGCGATTCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGGTGCAGGGATCATGGGGGGGctc > 2:818380/1‑140 (MQ=255) cagATTCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCtctc < 1:607317/138‑1 (MQ=255) cgATTCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGGCGGGATTATTGTGGGGctcttg > 2:584834/1‑138 (MQ=255) gATTCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGGTTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCgg < 2:743706/140‑1 (MQ=255) ggggATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGGAGGAAATATGGGGGGGGCCTCGGGTGGTG‑AAtttt > 2:607317/1‑138 (MQ=255) ggATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCCGTTTCAGGGAATTTGGGGGGGCTCTCGGGTGATG‑AAATTATg > 2:916096/1‑140 (MQ=255) ttCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGc < 1:51939/140‑1 (MQ=255) cTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTc < 2:657902/140‑1 (MQ=255) tAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCaaa > 1:173128/1‑140 (MQ=255) tAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCaaa < 1:402868/140‑1 (MQ=255) gCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGGTGCAGGGATTATGGGGGGGGTCTCGGGTGATGAAATTAAT‑CCGCCCGCCcaaaa > 2:402868/1‑138 (MQ=255) aaaTTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGAtt < 2:917260/140‑1 (MQ=255) aaaTTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGAtt < 1:749107/140‑1 (MQ=255) aaaTTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGAtt < 1:231585/140‑1 (MQ=255) aTTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGa < 1:710073/140‑1 (MQ=255) tCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGAcc < 1:551675/140‑1 (MQ=255) tCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGAcc < 1:472390/140‑1 (MQ=255) cTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGGGATTGAccc < 1:798532/140‑1 (MQ=255) cTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGAccc < 1:221792/140‑1 (MQ=255) tggtgTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGGTGCAGGGAATATGGTGGTGCTCTCGGGTGATG‑AAATAAAGCCGCCCGCCAAAAAGAATTAACCcaata > 2:710073/1‑140 (MQ=255) tgtgCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTTCAGGGATTATGGGGGTGGTCTCGGGTGGTG‑AATTTATGCCGCTCGCCCAAGAGATTGGCCCttataata > 2:420060/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGGTGCAGGGATTTTTGGGGGGCTCTCGGGTGATG‑AATTTATGCCGCTCGCCAAAGAGAATGGCCCTAATAATAAACCCCGCTATg > 2:102804/1‑140 (MQ=255) aaTCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCg < 1:456521/140‑1 (MQ=255) aaTCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCg < 2:590803/140‑1 (MQ=255) cTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACt < 2:173128/140‑1 (MQ=255) gATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGt < 1:789392/140‑1 (MQ=255) tggtCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCCGGGATTATGGGGGGGTTCTCGGGTGATG‑AATTAATGCCGCCCGCCAAAAAGAATTACCCCCAAAATAAACCCACCCCTGGCGGACTATGTGGGATCGCAATGAAgggg > 2:116690/1‑139 (MQ=255) tggtCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATTGGGGGGCTCTCGGGTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAAACCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAAAGTCAGTGATgggg > 2:636944/1‑139 (MQ=255) gtCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGAtt < 2:361947/140‑1 (MQ=255) ggcggcAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGtt < 1:636944/140‑1 (MQ=255) cggcAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTa < 2:616325/140‑1 (MQ=255) ggcAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGGGGGGCTCTCGGGTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGAACCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAg > 1:616325/1‑140 (MQ=255) gCAGGAATTATGGGGGGGCTCTCGGGTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAAAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCggg > 2:791028/1‑140 (MQ=255) | CCGCGATTCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATG‑AATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGG > NC_000913/3183055‑3183313 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |