| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,596,461 | T→C | T93A (ACC→GCC) | ypfJ ← | uncharacterized protein YpfJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,596,461 | 0 | T | C | 96.8% | 215.8 / ‑2.5 | 63 | T93A (ACC→GCC) | ypfJ | uncharacterized protein YpfJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (34/27); total (35/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATCAACACCATAGT > NC_000913/2596326‑2596592 | tGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCt > 2:317789/1‑140 (MQ=255)tGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCt > 2:883303/1‑140 (MQ=255) gCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCtt > 1:598544/1‑140 (MQ=255) gCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCtt > 2:718253/1‑140 (MQ=255) gCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCtt > 1:474261/1‑140 (MQ=255) gCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCtt > 1:445227/1‑140 (MQ=255) gccgGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGt > 1:960028/1‑140 (MQ=255) ccccATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAgg > 1:754474/1‑140 (MQ=255) aTTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGaa < 2:83164/140‑1 (MQ=255) gACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGc > 1:646789/1‑140 (MQ=255) ggCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCt < 2:646789/140‑1 (MQ=255) ggCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCt < 1:718253/140‑1 (MQ=255) gcccgcccCGCAGTCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCtt > 1:398054/1‑140 (MQ=255) gcccgcccCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCtt > 1:357399/1‑140 (MQ=255) gcccgcccCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCtt > 1:719808/1‑140 (MQ=255) gcccgcccCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCtt > 1:293581/1‑140 (MQ=255) gcccgcccCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCtt > 1:289643/1‑140 (MQ=255) cAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCAtt < 2:623103/140‑1 (MQ=255) cAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCAtt < 1:931099/140‑1 (MQ=255) cAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCAtt > 2:531429/1‑140 (MQ=255) cAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCAtt > 1:244799/1‑140 (MQ=255) gCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTg < 2:754474/140‑1 (MQ=255) gCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTg < 2:445227/140‑1 (MQ=255) ccGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTgg < 2:357399/140‑1 (MQ=255) tCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGAc > 2:906199/1‑140 (MQ=255) aTTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACcg < 1:906199/140‑1 (MQ=255) ttCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACcgc > 1:168035/1‑140 (MQ=255) cATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGAttgtt > 2:144265/1‑140 (MQ=255) gACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGAttgttgtt > 2:649955/1‑140 (MQ=255) gACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGAttgttgtt < 2:289643/140‑1 (MQ=255) ccAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTgg > 1:520572/1‑140 (MQ=255) gCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGaa > 2:502444/1‑140 (MQ=255) gCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGaa > 1:123821/1‑140 (MQ=255) gCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGaa > 1:483759/1‑140 (MQ=255) gCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGaa > 1:447701/1‑140 (MQ=255) gCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGaa > 1:293870/1‑140 (MQ=255) gCTTCGGTTGATGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGAttgt < 1:948695/131‑1 (MQ=255) gCTTCGGTTGATGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGAttgt > 2:948695/1‑131 (MQ=255) cTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGcc < 2:520572/140‑1 (MQ=255) aGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCg < 1:378070/137‑1 (MQ=255) aGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCg > 2:378070/1‑137 (MQ=255) aGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCg > 2:444883/1‑137 (MQ=255) aGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCg < 1:444883/137‑1 (MQ=255) aGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGtc < 2:244799/140‑1 (MQ=255) gTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGa > 2:740754/1‑122 (MQ=255) 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(MQ=255) gAACTGTTGTCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATCaa < 2:474261/140‑1 (MQ=255) ttgtCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATc > 1:2877/1‑132 (MQ=255) ttgtCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATc < 2:2877/132‑1 (MQ=255) ttgtCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATCAACACCAt > 1:750828/1‑140 (MQ=255) tgtCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATCAACACCAta < 1:502444/140‑1 (MQ=255) tgtCCCCAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATCAACACCAta < 1:883303/140‑1 (MQ=255) cccAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATCAACACCAtagt < 2:57859/138‑1 (MQ=255) cccAGGCGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATCAACACCAtagt > 1:57859/1‑138 (MQ=255) | TGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATCAACACCATAGT > NC_000913/2596326‑2596592 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |