| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 311,002 | Δ1 bp | coding (335/591 nt) | ecpR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 310,999 | 0 | C | . | 97.9% | 197.6 / ‑1.9 | 48 | coding (338/591 nt) | ecpR | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base . (26/21); total (27/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
TCCCTGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGCCCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATCC > NC_000913/310860‑311133 | tCCCTGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGc < 2:734223/140‑1 (MQ=255) cccTGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGcc < 2:196247/140‑1 (MQ=255) gggCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATGTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGccctaa < 1:433792/140‑4 (MQ=255) gggCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGccctaa < 1:64790/140‑4 (MQ=255) 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(MQ=255) tAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGAt < 1:310368/140‑1 (MQ=255) aGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGa < 1:460807/133‑1 (MQ=255) aGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGa > 2:460807/1‑133 (MQ=255) aGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACca > 1:516190/1‑139 (MQ=255) aGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACca < 2:516190/139‑1 (MQ=255) ttCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACcattc > 2:648674/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACcattca > 2:422842/1‑140 (MQ=255) tCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACcattca > 1:489512/1‑140 (MQ=255) tCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACcattca > 1:66658/1‑140 (MQ=255) ttCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTAt > 2:683778/1‑140 (MQ=255) tCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATc < 2:66658/140‑1 (MQ=255) tCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGttt > 1:616573/1‑140 (MQ=255) cACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTta > 2:399527/1‑140 (MQ=255) cACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTta > 2:815491/1‑140 (MQ=255) aCGACTCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTtat > 2:261878/1‑140 (MQ=255) tCAGTCCAGCGTATACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAAtt < 1:422842/140‑1 (MQ=255) aGTCCAGCGTCTACCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCa < 1:567717/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAAt < 2:762323/138‑1 (MQ=255) aCCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAAt < 1:218519/138‑1 (MQ=255) aCCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATcc > 2:55045/1‑140 (MQ=255) aCCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATcc > 2:55044/1‑140 (MQ=255) aCCACG‑CCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATcc > 1:101301/1‑140 (MQ=255) | TCCCTGGGCCGTCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACGCCCCTAATATTGCTATTGTAATACCAATAATTTGCTAAGGCCTCTGACTTTCTGGCCGCAATCAATACGACCTGTTTCCCCTTTACCGCGGATAACCATTCATTATCACGGTTTATAAATTCAGATAAAGAATCC > NC_000913/310860‑311133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |