Predicted mutation
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RA	NC_000913	1,168,979	(A)6→5	intergenic (‑147/‑94)	comR ← / → bhsA	DNA‑binding transcriptional repressor ComR/DUF1471 domain‑containing multiple stress resistance outer membrane protein BhsA

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*	NC_000913	1,168,974	0	A	.	100.0%	101.1 / NA	25	intergenic (‑142/‑99)	comR/bhsA	DNA‑binding transcriptional repressor ComR/DUF1471 domain‑containing multiple stress resistance outer membrane protein BhsA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base . (12/13);  total (12/13)

TACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGG  >  NC_000913/1168843‑1169103                                                                                                                                    |                                                                                                                                  tACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCAACTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATaaaaatatc                                                                                                                           <  2:773394/140‑5 (MQ=255)   ccTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCtt                                                                                                                        <  1:585400/140‑1 (MQ=255)   ccTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCtt                                                                                                                        <  2:283674/140‑1 (MQ=255)        tGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTAtg                                                                                                                   <  2:362994/140‑1 (MQ=255) 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                       gTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATc                                                                                                   <  1:479842/140‑1 (MQ=255)                          tattatAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTa                                                                                                 <  2:389640/140‑1 (MQ=255)                           attatAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTAt                                                                                                >  1:692780/1‑140 (MQ=255)                            ttatAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATc                                                                                               >  2:316033/1‑140 (MQ=255)                                                         tCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAttgct                                                                  >  2:280605/1‑140 (MQ=255)                                                         tCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAttgct                                                                  >  2:330791/1‑140 (MQ=255)                                                                  cATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGtc                                                         >  1:513444/1‑140 (MQ=255)                                                                   ttAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGtca                                                        >  1:790280/2‑140 (MQ=255)                                                                   aTAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGtca                                                        >  2:106407/1‑140 (MQ=255)                                                                   aTAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGtca                                                        >  1:243633/1‑140 (MQ=255)                                                                             ttGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCa                                              >  2:547965/1‑140 (MQ=255)                                                                                cTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATaa                                           <  2:692780/140‑1 (MQ=255)                                                                                   tCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGc                                        <  2:100909/140‑1 (MQ=255)                                                                                   tCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGc                                        <  1:554614/140‑1 (MQ=255)                                                                                     tATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCa                                      <  2:524256/140‑1 (MQ=255)                                                                                       tttAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACt                                    <  1:330791/140‑1 (MQ=255)                                                                                               aaaTTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGaa                            >  2:270308/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                               gTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTgcgg  >  1:736613/1‑134 (MQ=255)                                                                                                                               gTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTgcgg  <  2:736613/134‑1 (MQ=255)                                                                                                                                    |                                                                                                                                  TACCTGGTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGG  >  NC_000913/1168843‑1169103

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑