| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,309,006 | (C)6→7 | intergenic (‑82/+27) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polynucleotide phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,309,000 | 1 | . | C | 96.0% | 80.4 / ‑2.9 | 25 | intergenic (‑76/+33) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polynucleotide phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (13/11); total (13/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
TCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCA > NC_000913/3308871‑3309132 | tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑cccccccgcc > 2:635318/1‑136 (MQ=255) tGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCa > 1:777322/1‑140 (MQ=255) ttAAGGGCTGGCGAAACAAAACCCCGGCGCAAAAAAGGCTTCTTTCCCCACTCCCGACGCCCACGGTAGAATGAACGGCCTTTTCCGGGTTGCGCGCATGGCGTCCTGCGCGGTAAAAG‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAgg < 2:777322/139‑1 (MQ=255) aaGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTCCCCACCCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCGGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGc < 2:570416/140‑1 (MQ=255) cccAGCGAAAAAAAGGCTTCATTTCCCCCTCCCGAAGCCCACGGTTGAATGAACGTCCTGTCCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc < 1:297470/139‑1 (MQ=255) acCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGcc > 2:520699/1‑140 (MQ=255) cgcAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGtt > 1:21513/1‑140 (MQ=255) aGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTCCCCGGTTGCTAGCAGGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGcc < 2:439388/140‑1 (MQ=255) cTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGa > 2:376193/1‑140 (MQ=255) tCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtgctg > 1:72767/1‑140 (MQ=255) cgaaccccACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAGGGCGTCCTGCCCGGTTAAAC‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:508586/134‑1 (MQ=255) caaaGCCCACGGTTAAAGAACCGTCCTTTCCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAACC‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:21513/138‑1 (MQ=255) cGAAGCCCACGGTTGAATGACCGTCCTGTCCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:156192/140‑1 (MQ=255) cACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag < 2:298021/133‑1 (MQ=255) cACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTgcag > 1:298021/1‑133 (MQ=255) cACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTg > 1:167496/1‑140 (MQ=255) aCGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTga < 1:376193/140‑1 (MQ=255) cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgag > 1:123322/1‑140 (MQ=255) cGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTgag > 1:286691/1‑140 (MQ=255) aatgaaCGTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCt < 1:124281/140‑1 (MQ=255) gTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGTTAAAAACC‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc < 2:167496/140‑1 (MQ=255) gTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc < 2:123322/140‑1 (MQ=255) gTCCTGTTCCCGGTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc > 2:288762/1‑140 (MQ=255) gTTGCTAGCAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt > 2:279421/1‑140 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGAt < 1:288762/140‑1 (MQ=255) ccTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTGCTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc < 1:802533/140‑1 (MQ=255) ccTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc < 1:18070/140‑1 (MQ=255) cTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCt > 2:756771/1‑140 (MQ=255) ttAAAA‑GCCCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCa > 2:557130/1‑140 (MQ=255) | TCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCA > NC_000913/3308871‑3309132 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |