| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,714,096 | T→C | V443A (GTG→GCG) | dtpA → | dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,714,096 | 0 | T | C | 87.8% | 126.2 / 8.7 | 49 | V443A (GTG→GCG) | dtpA | dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/4); new base C (22/21); total (24/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
CTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACCGCGCCGAAACTGCACCGCAT > NC_000913/1713957‑1714222 | cTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCtgt > 1:810620/1‑140 (MQ=255) gatgatCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTgcgc > 1:724974/1‑140 (MQ=255) tgatCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCg < 2:429695/140‑1 (MQ=255) atCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGa < 1:653047/140‑1 (MQ=255) tctggtctggGTCTGGCAATGGTTGCTAAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATaa > 2:12818/1‑140 (MQ=255) tggtctggGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACg > 2:205797/1‑140 (MQ=255) ggtctggCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGa > 1:179351/1‑140 (MQ=255) tGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATg > 1:288760/1‑140 (MQ=255) gTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTc > 2:731297/1‑140 (MQ=255) cTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTg > 2:275693/1‑140 (MQ=255) tCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGATCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTgg < 2:515769/140‑1 (MQ=255) tCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTgg > 1:529992/1‑140 (MQ=255) tCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTc > 2:614659/1‑140 (MQ=255) cGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGaa > 2:812303/1‑136 (MQ=255) cGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGaa < 1:812303/136‑1 (MQ=255) gTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTGTGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTa < 1:45209/140‑1 (MQ=255) gTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTa > 1:743410/1‑140 (MQ=255) tCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATg < 1:275693/140‑1 (MQ=255) tCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATg < 1:12818/140‑1 (MQ=255) gCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTcgcg < 1:688955/140‑1 (MQ=255) gTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTa < 1:731297/140‑1 (MQ=255) gTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTa > 2:31957/1‑140 (MQ=255) aTGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCtt < 1:614659/140‑1 (MQ=255) aTGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCtt < 2:724974/140‑1 (MQ=255) gCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAg > 1:700798/1‑140 (MQ=255) ttATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTcgcg < 2:340911/123‑1 (MQ=255) ttATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTcgcg > 1:340911/1‑123 (MQ=255) ggTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGgtgt > 1:645578/1‑137 (MQ=255) ggTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGgtgt < 2:645578/137‑1 (MQ=255) aGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTAc > 1:556178/1‑140 (MQ=255) aGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTAc > 2:226506/1‑140 (MQ=255) gCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACt > 2:215125/1‑140 (MQ=255) ttCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGt < 2:584421/140‑1 (MQ=255) ttCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGt < 1:215125/140‑1 (MQ=255) ttCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGt < 1:629329/140‑1 (MQ=255) tCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGtt < 2:288760/140‑1 (MQ=255) cTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTAt < 1:508790/140‑1 (MQ=255) gACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTg < 1:339822/140‑1 (MQ=255) aCCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGc > 1:779114/1‑140 (MQ=255) ccGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTg > 1:175362/1‑140 (MQ=255) cGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGa < 1:205797/140‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTAc < 2:236900/124‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTAc > 1:236900/1‑124 (MQ=255) aTTGGTGGGTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATTCGCTGATGGCAGTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACcgc > 2:614835/1‑140 (MQ=255) tggtTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACCGCGCCGa < 2:179351/140‑1 (MQ=255) gtTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACCGCGCCGaa > 1:685794/1‑139 (MQ=255) gtTATGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACCGCGCCGaa < 2:685794/139‑1 (MQ=255) aTGTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACCGCGCCGAGACTg > 2:763379/1‑140 (MQ=255) gTTGCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACCGCGCCGAAACTGCa < 1:763379/140‑1 (MQ=255) gCGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACCGCGCCGAAACTGCACCg > 2:16726/1‑140 (MQ=255) cGGGTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACCGCGCCGAAACTGCACCGc > 1:667223/1‑140 (MQ=255) ggTATGATGGCTGCGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACCGCGCCGAAACTGCACCGCAt < 1:824998/140‑1 (MQ=255) | CTGATGATCTCTGGTCTGGGTCTGGCAATGGTTGCTCAACTCGTTCCGCAGCGTCTGATGGGCTTCATTATGGGTAGCTGGTTCCTGACCACTGCCGGTGCAAACCTGATTGGTGGTTATGTTGCGGGTATGATGGCTGTGCCGGATAACGTTACCGATCCGCTGATGTCACTGGAAGTCTATGGTCGCGTATTCTTGCAGATTGGTGTCGCTACTGCCGTTATTGCAGTACTGATGCTGCTGACCGCGCCGAAACTGCACCGCAT > NC_000913/1713957‑1714222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |