Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,743,648 | G→A | L64L (CTG→CTA) | mdtK → | multidrug efflux pump MdtK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,743,648 | 0 | G | A | 97.3% | 120.1 / ‑4.3 | 37 | L64L (CTG→CTA) | mdtK | multidrug efflux pump MdtK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (20/16); minor base T (0/1); total (20/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
CTCGCGCAAATCGCCCAAACTGCGATGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTGCTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGC > NC_000913/1743514‑1743782 | ctcGCGCAAATCGCCCAAACTGCGATGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGActactgct < 1:447702/140‑1 (MQ=255) cgcAAATCGCCCAAACTGCGATGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCa > 2:81237/1‑140 (MQ=255) aTCGCCCAAACTGCGATGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAAc > 1:546817/1‑140 (MQ=255) aaCTGCGATGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTa > 1:583510/1‑140 (MQ=255) tGCGATGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATcg < 2:131633/140‑1 (MQ=255) gCGATGGGTTTTGTCGATACCGTGATTGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATcgc > 1:602014/1‑140 (MQ=255) cGATGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATcgcg < 1:39844/140‑1 (MQ=255) aTGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCa > 2:715822/1‑140 (MQ=255) aTGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCa > 2:325974/1‑140 (MQ=255) tGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCaa < 2:546817/140‑1 (MQ=255) gTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATcgcg < 2:337548/134‑1 (MQ=255) gTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATcgcg > 1:337548/1‑134 (MQ=255) ttttGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTaa < 2:73542/140‑1 (MQ=255) tGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATg > 2:324217/1‑140 (MQ=255) aTACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTTTCGGGACTTCTATCTGGGTTCCGGGGATCCTCTTTGGTCACGGGCTACTGCTGGCATTAAAGCCGGGTATCGCGCAAATAAATGGTTcc > 2:203489/1‑140 (MQ=255) cTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTg > 1:155246/1‑140 (MQ=255) aCCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGAACTTCTATCTGGCTTCCGGGGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGt > 2:525043/1‑140 (MQ=255) aTGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTTCTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACa < 1:417004/140‑1 (MQ=255) ggcggcGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACa > 2:403837/1‑138 (MQ=255) ggcggcGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACa < 1:403837/138‑1 (MQ=255) gTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTctg > 1:507189/1‑140 (MQ=255) gTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTctg > 2:425847/1‑140 (MQ=255) tATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTG‑‑‑GGCAGGTTTTGTTTCCg > 1:527603/1‑140 (MQ=255) tCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCTGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTcc > 1:321664/1‑140 (MQ=255) tGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGt < 2:803718/140‑1 (MQ=255) tGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGt > 1:606191/1‑140 (MQ=255) gCTTCCGGGGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTtc < 1:525043/140‑1 (MQ=255) ccGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCAt < 1:715822/140‑1 (MQ=255) ccGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCAt < 2:361486/140‑1 (MQ=255) aTCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCt > 1:682560/1‑140 (MQ=255) tCCTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTg < 1:196092/140‑1 (MQ=255) ccTCTTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTgg > 2:174371/1‑140 (MQ=255) tctTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTg < 2:402470/140‑1 (MQ=255) tctTTGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTg < 2:379056/140‑1 (MQ=255) tttGGTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCt > 2:153882/1‑140 (MQ=255) ggTCACGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCTGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCtgtg < 2:321664/140‑1 (MQ=255) aCGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAAt < 2:606191/140‑1 (MQ=255) cGGACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATg > 2:355303/1‑140 (MQ=255) ggACTACTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGc < 1:355303/140‑1 (MQ=255) | CTCGCGCAAATCGCCCAAACTGCGATGGGTTTTGTCGATACCGTGATGGCGGGCGGCTATAGTGCCACCGACATGGCGGCGGTCGCTATCGGTACTTCTATCTGGCTTCCGGCGATCCTCTTTGGTCACGGACTGCTGCTGGCATTAACGCCGGTTATCGCGCAATTAAATGGTTCCGGTCGACGTGAGCGCATTGCGCATCAGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGC > NC_000913/1743514‑1743782 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |