Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,394,255 | C→T | L64L (CTG→TTG) | nnr → | NAD(P)HX epimerase/NAD(P)HX dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,394,255 | 0 | C | T | 79.3% | 55.9 / 8.7 | 29 | L64L (CTG→TTG) | nnr | NAD(P)HX epimerase/NAD(P)HX dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/5); new base T (11/12); total (12/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGG > NC_000913/4394116‑4394387 | cTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCActggc > 2:280954/1‑140 (MQ=255) cTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCActggc > 2:275082/1‑140 (MQ=255) gacgaTATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCtgtg < 1:645795/140‑1 (MQ=255) cgaTATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCGGGGGCTCACACTCTATGAGCGGATGCTTCGCGCTGGGGGGGCCGCATCCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTTTCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCg < 2:591620/140‑1 (MQ=255) ttatCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCGGGGGCCCACACTCCATGCGCTGGTGCTTCGCGCTGGCGGGCCCCCATTCCAGGTGTGTCGTCCGGCGTCCCCTGCCGCCCGCCACTGGTTGGTGTTGTGCGGt < 2:742900/139‑1 (MQ=255) atatCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGt < 2:143568/140‑1 (MQ=255) tatCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTc < 1:547958/140‑1 (MQ=255) tatCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTc < 1:504251/140‑1 (MQ=255) tacccgccgCGGAGAACGCGGGGCGGCAGATGTGCGGGGGCTCACCCTCTATGGGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTc < 2:604883/137‑1 (MQ=255) cgccgcGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGt < 1:28944/135‑1 (MQ=255) cgccgcGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGt > 2:28944/1‑135 (MQ=255) gcgGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGtaat > 1:588381/1‑140 (MQ=255) gcgGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGtaat > 1:491516/1‑140 (MQ=255) gATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGt < 1:735983/140‑1 (MQ=255) ggCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGa < 2:588381/140‑1 (MQ=255) cacTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGcc > 2:80596/1‑140 (MQ=255) tGAGCTGATGCTTCGCGCTGGGGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCgg > 2:588676/1‑140 (MQ=255) aGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCgggc > 2:802763/1‑138 (MQ=255) cTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCgg > 1:231731/1‑140 (MQ=255) tGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCAtt < 1:524314/140‑1 (MQ=255) tGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCAtt > 1:504984/1‑140 (MQ=255) cgcTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCa < 2:504984/140‑1 (MQ=255) ggcggCCGCATTCCAGGTGTGTCGTGGGGCTTATCGTGACCCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACgttgt < 1:280954/137‑1 (MQ=255) ggAGGCGGCATTCCCGGTGTGTGTTTCGGCGATTCCTGCCGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACgttgt < 1:574387/139‑1 (MQ=255) cGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACgttgt < 1:275082/140‑1 (MQ=255) tgtCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACaa > 2:495499/1‑140 (MQ=255) tCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACGTTGTTGGCCCAGGAGAGTGACAAAc > 2:456269/1‑140 (MQ=255) tCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAAc > 1:569202/1‑140 (MQ=255) cGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAAcc < 1:495499/140‑1 (MQ=255) gggCGTTTCCTGCCGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTg < 2:491516/139‑1 (MQ=255) ccACTGGTTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTgg > 2:323561/1‑140 (MQ=255) | CTGGTACGCCGACGATATCCGCCGCGGAGAACGCGAGGCGGCAGATGTGCTGGGGCTCACACTCTATGAGCTGATGCTTCGCGCTGGCGAGGCCGCATTCCAGGTGTGTCGTTCGGCGTATCCTGACGCCCGCCACTGGCTGGTGCTGTGCGGTCATGGTAATAACGGCGGCGATGGCTACGTGGTCGCGCGACTGGCCAAAGCGGTCGGCATTGAGGTCACGTTGTTGGCCCAGGAGAGCGACAAACCGTTGCCGGAAGAGGCCGCGCTGG > NC_000913/4394116‑4394387 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |