Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 589,388 | A→G | Y523H (TAT→CAT) | nfrA ← | bacteriophage N4 receptor, outer membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 589,388 | 0 | A | G | 97.7% | 143.0 / ‑4.1 | 43 | Y523H (TAT→CAT) | nfrA | bacteriophage N4 receptor, outer membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (18/24); total (18/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.78e-01 |
GCCAGCGATCGCGAGCCGCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATACGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGACGGTTCCAGGCGGCGG > NC_000913/589253‑589516 | gCCAGCGATCGCGAGCCGCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGcc < 2:278150/140‑1 (MQ=255) cGATCGCGAGCCGCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATa > 2:401228/1‑140 (MQ=255) tCGCGAGCCGCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATACGCCTGATAGGc < 2:542707/140‑1 (MQ=255) tCGCGAGCCGCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGCCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGc > 2:474018/1‑140 (MQ=255) cgcgAGCCGCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCt < 2:553293/140‑1 (MQ=255) aGCCGCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCg < 1:347968/140‑1 (MQ=255) aGCCGCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCg > 1:412375/1‑140 (MQ=255) ccGCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCa > 2:417674/1‑140 (MQ=255) gCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACg < 1:204080/140‑1 (MQ=255) gCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACg < 2:24561/140‑1 (MQ=255) 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ggCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCgttgtt < 1:690972/140‑1 (MQ=255) ggCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCgttgtt < 1:144972/140‑1 (MQ=255) cagcagcaAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCg > 1:584099/1‑140 (MQ=255) cagcagcaAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCg > 1:71466/1‑140 (MQ=255) agcaagcaGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCt > 1:534459/1‑140 (MQ=255) agcaagcaGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCt > 2:683850/1‑140 (MQ=255) 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cTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGc > 2:133826/1‑140 (MQ=255) tCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGcc < 1:5335/140‑1 (MQ=255) tGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCcaca < 1:417674/140‑1 (MQ=255) aaGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTa > 1:704741/1‑140 (MQ=255) cTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGAt < 2:750786/140‑1 (MQ=255) gTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGa < 1:657178/140‑1 (MQ=255) gTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGa < 1:133826/140‑1 (MQ=255) gTGGCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGACGGtt > 2:310151/1‑140 (MQ=255) gCGTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGACGGTTCCa < 2:584099/140‑1 (MQ=255) gTAGTCCTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGACGGTTCCAgg < 2:1387/140‑1 (MQ=255) ccccAACCTGATGCGCCTGATAGGCTTCCGCACCATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGACGGTTCCAggcggcg < 2:779584/137‑1 (MQ=255) ccTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGACGGTTCCAggcggcg < 2:704741/140‑1 (MQ=255) cTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGa < 2:656636/124‑1 (MQ=255) cTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGa > 1:656636/1‑124 (MQ=255) cTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGACGGTTCCAggcggcgg > 2:144031/1‑140 (MQ=255) cTCAACCTGATGCGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGACGGTTCCAggcggcgg < 1:144031/140‑1 (MQ=255) | GCCAGCGATCGCGAGCCGCACCATTTCCTGCCGCCTGGGCGGTATTGGCAGCAGCAAGCAGATCCTCATTGCTCATGTCGTGAAGACTGATTTTCTGCCAGGCCGCCAGTGCGGTGGCGTAGTCCTCAACCTGATACGCCTGATAGGCTACCGCACGATGTTGCCAGGCGCTCGGTTGTCGTTGTTCGGCCTGAAGCCATGCATACAACGCCACACCGGGTAGCGTGTCCCGATAACACTTTGCCAGACGGTTCCAGGCGGCGG > NC_000913/589253‑589516 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |