| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 391,703 | (G)6→7 | pseudogene (1453/1458 nt) | yaiT → | putative autotransporter YaiT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 391,697 | 1 | . | G | 98.6% | 501.4 / ‑1.0 | 139 | pseudogene (1447/1458 nt) | yaiT | putative autotransporter YaiT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base G (67/70); total (69/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGT‑G‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAAT > NC_000913/391560‑391830 | cGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACtgggt‑g‑‑g > 2:68558/1‑140 (MQ=255)cGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACtgggt‑g‑‑g > 2:495397/1‑140 (MQ=255) ggAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACtgggt‑g‑‑gg < 1:1280406/140‑1 (MQ=255) ggAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACtgggt‑g‑‑gg < 2:587332/140‑1 (MQ=255) tCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGT‑g‑‑gggggg < 1:1668559/140‑2 (MQ=255) tCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGT‑g‑‑gggggg < 1:1618330/140‑2 (MQ=255) aTTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCtgat < 1:515886/140‑1 (MQ=255) aTTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCtgat < 1:495397/140‑1 (MQ=255) aTTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCtgat < 1:1252334/140‑1 (MQ=255) cTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCtgat > 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cttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGaca < 1:395448/130‑1 (MQ=255) cttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGaca > 2:395448/1‑130 (MQ=255) cttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATACTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAg > 2:1022663/1‑140 (MQ=255) tcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCg > 1:1202175/1‑140 (MQ=255) cGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGa > 2:1275896/1‑140 (MQ=255) cGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGa < 2:1331117/140‑1 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ttGACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCAcc > 1:1605370/1‑129 (MQ=255) gACCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATcaca > 1:1370051/1‑140 (MQ=255) aCCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCAc > 1:1679842/1‑125 (MQ=255) aCCGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCAc < 2:1679842/125‑1 (MQ=255) ccGAATCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACAtt < 2:1116095/140‑1 (MQ=255) aaTCTACTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGa < 2:578150/140‑1 (MQ=255) 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2:1202175/140‑1 (MQ=255) cTGGGTGG‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAAt > 1:813595/1‑140 (MQ=255) | CGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGT‑G‑‑GGGGGCTGATTGATCCTA‑CCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAAT > NC_000913/391560‑391830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |